正當(dāng)少年偵探團(tuán)在西多摩郡龍神山游玩之時(shí)，突然從山上墜落一輛汽車。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個(gè)事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現(xiàn)場(chǎng)拿到寫著暗語(yǔ)的紙條。從寫著暗號(hào)的紙片入手，光彥，步美，元太3人一起來(lái)到了暗號(hào)所指示的地點(diǎn)，在這里他們發(fā)現(xiàn)了大量被盜的車輛和先前謀殺案的兇手。

晚到的杰拉爾·天馬被劍殺死，和天馬有過(guò)爭(zhēng)吵的加那善成為了頭號(hào)嫌疑人?？履蟿t在勘察現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)窗臺(tái)上不自然的痕跡，而鋼琴上奇怪的東西也吸引了柯南的注意，最終柯南揭穿了像謎一樣的人物的真面目同時(shí)也解開(kāi)了殺害天馬的兇手所用的犯罪手法。在鐵證面前兇手最終承認(rèn)了自己的罪行并說(shuō)出了殺人動(dòng)機(jī)。

警方從案件相關(guān)人的口中得知，一年前被害者曾在這個(gè)停車場(chǎng)撞死過(guò)一個(gè)小男孩，之所以出現(xiàn)車禍就是因?yàn)楫?dāng)時(shí)被害者穿著厚底鞋而無(wú)法及時(shí)剎車，一番追查后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是……與此同時(shí)，只身在百貨公司內(nèi)的園子遭到了兇手追殺，在黑暗的百貨大樓里很難鎖定園子的位置，危機(jī)時(shí)候，目暮警官及時(shí)出現(xiàn)擋住了兇手的襲擊，但他卻因此受傷。數(shù)日后，大家一起去醫(yī)院看望目暮警官時(shí)，從松本那里得知了目暮警官的秘密。

步美無(wú)意中看到了連續(xù)縱火的犯人，便前去警局做相關(guān)的供詞，之后，少年偵探隊(duì)與高木和佐藤警官開(kāi)始展開(kāi)調(diào)查，然而沒(méi)想到當(dāng)天居然是佐藤父親的殉職忌日，大家也不禁談起了這件“愁思郎案件”，佐藤警官還碰到了父親高中時(shí)的老友，這時(shí)，目暮警官打來(lái)電話讓白鳥(niǎo)和高木前去抓捕縱火犯嫌犯，期間高木想通了十八年前所發(fā)生的案件的真相，可當(dāng)他打電話給佐藤時(shí)，卻沒(méi)有注意到兇手就在身后。

柯南和小蘭被小五郎帶到OK牧場(chǎng)在途中迷路，巧遇恰好路過(guò)的牧場(chǎng)工作人員后一行人終于到達(dá)牧場(chǎng)。。小五郎因?yàn)橐瘩R術(shù)，到了馬場(chǎng)便參觀了起來(lái)。但是馬場(chǎng)的裝蹄師杉山突然死亡！雖然看起來(lái)是被事故但在柯南的調(diào)查下發(fā)現(xiàn)這其實(shí)是一起有預(yù)謀的謀殺案！雖然大楠給馬喂了巧克力使馬異常興奮，但真正殺死杉山的另有其人。