當(dāng)阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時，卻發(fā)現(xiàn)這個人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識，再次認錯人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動物園的廣播站尋人，可依舊沒有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過？這時，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說辭，破解暗號，來到了相約之地……

大家找到校長詢問他下雨的時候是否出現(xiàn)在操場，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實校長的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國繁，因為他與保坂從小一起長大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒錯，制造靈異事件的就是那個人!

公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時擔(dān)任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊出動，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢而被打昏的片岡秘書大貫，面對人財兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語》又能否完美謝幕？

柯南、小五郎和小蘭一起到神話故鄉(xiāng)出云旅游，并在這里認識了兩情相悅卻無法在一起的江角榮子和福間良介，次日，警察在豬目洞窟發(fā)現(xiàn)了江角的未婚夫鱷淵的尸體，經(jīng)過篩選，具有殺人動機的有四個人，除去江角、福間還有藤江和石飛，有目擊者說曾見過福間出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場，可福間卻對此沉默不語像是在保護什么人，而江角也和福間出現(xiàn)相同的情況，為證明二人的清白，柯南能找到什么樣的證據(jù)？

小五郎和柯南一起推斷這三個字的含義卻毫無頭緒，水無一句無意的話提醒了柯南，于是他打電話給警局確認，不想事情真如他想的一樣，原來這是高木警官在這里執(zhí)行任務(wù)無聊時寫的，接下來就是門鈴之謎，翌日門鈴再次響起，不過這個按門鈴的人卻被柯南抓個正著，沒想到居然是……本以為一切都結(jié)束了，柯南卻從無意中粘在水無鞋上的竊聽器得知，她居然是黑衣組織的人。