大筒木一族三人突襲中忍考試會場，目的是回收鳴人的尾獸查克拉重新種植神樹，煉制長生不老的丹藥。佐良娜險些被大筒木金武襲擊，佐助登場救女兒。鳴人被大筒木桃式一腳踢飛，博人用科學忍具接連反擊，力量卻被對方吸收據為已用。鳴人開啟九尾模式對抗大筒木，他守護村子的身影感化了博人。

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

下忍三人小隊的分組將要在今天決定，被分到同一組的佐良娜和博人都不愿意遷就對方，木葉丸交給兩人調組申訴書，只要他們能將申訴書交到七代火影手中，就有希望重新分組。在尋找七代火影的途中他們經歷了很多波折，共同克服了困難之后他們決定留在同一組，并向七代申請了“第七班”的番號。

班長卷入“靈魂事件”受了傷，博人為此非常自責，唯一能看到黑影的他認為自己要盡快解決事件，但這卻遭到了鳴人的反對。志乃老師出面肯定了博人的想法，鳴人看到志乃的堅持后做出了讓步，鹿臺根據最近的情況開始分析如何找出黑影。和他們猜想的一樣，在他們佯裝離開郵局后操縱黑影的人物出現了。

鳴人被大筒木一族困在神樹，桃式瘋狂抽取九尾查克拉，并嘲笑忍者是他們的查克拉口糧。佐助和我愛羅、長十郎、黑土、達魯伊以及博人突襲大筒木基地，鳴人和博人父子倆終于相互理解，鳴人的忍道同樣激勵了博人。桃式眼看戰局不利，吞食了大筒木同伴的力量，爆發終極殺手锏。"