正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時(shí)候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對(duì)不能以這種摸樣被人殺害。

阿笠博士住在鄉(xiāng)下的老友龍?zhí)赡抢飫偤糜性麄兿胍纳钌介毙蜗x，在柯南等人捉蟲回來時(shí)卻發(fā)現(xiàn)龍?zhí)纱笫宓乖诹说厣希T口的佛像也不翼而飛，再留下“深山楸形”幾個(gè)字后龍?zhí)杀銜灹诉^去。與龍?zhí)捎型恋剡吔鐔栴}糾紛的周平和時(shí)常會(huì)偷盜佛像的慶都因與“深山楸形蟲”有關(guān)系而被懷疑，經(jīng)過調(diào)查而前往道之站的柯南認(rèn)為兇手另有其人。

為了查出監(jiān)禁高木警官的地點(diǎn)，警方持續(xù)搜查的時(shí)候三位關(guān)系者漸漸浮上臺(tái)面，鎖定了可能是嫌疑犯的人后警方馬上進(jìn)行潛入，雖然向嫌疑人澄清了事件的真相，但早已服毒的嫌犯在沒有說出監(jiān)禁地點(diǎn)的情況下死亡。另一方面，好不容易掙脫了雙腳束縛的高木警官丟下了腳邊的布后卻發(fā)現(xiàn)了綁在木板下的定時(shí)炸彈。

毛利一家和柯南想要去的餐館正在施工，很多以前的建筑都被重建或者改造，正當(dāng)毛利感嘆的時(shí)候工地里傳來了很大的聲音。建筑器材的散落發(fā)生了命案，被壓在鋼管底下的是朱古先生，而捆綁鋼材的帶子上有被割過的痕跡。最有可能作案的便是在場的三人，而這三個(gè)人都有作案動(dòng)機(jī)，在檢查了命案現(xiàn)場后柯南有了線索。

在死去的西澤家里發(fā)現(xiàn)了作案的手法和遺書，看似自殺的現(xiàn)場還存在很多疑點(diǎn)，在現(xiàn)金還沒有歸還的情況下小五郎檢查繼續(xù)調(diào)查。西澤的好友田中和公司社長的互相指正引起了小五郎的懷疑，而一路探查的柯南看到了漂浮在宇田川河面上的部分鈔票，經(jīng)過整理之后柯南得知了這次事件的兇手，而他將代替感冒的小五郎為大家揭曉真相。