少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

少年偵探團(tuán)對(duì)于賈斯丁的事件還是非常在意，偷偷溜出來(lái)的他們和柯南一起展開(kāi)了調(diào)查，聰明的賈斯丁并沒(méi)有坐以待斃，顯眼的他四處留下關(guān)于自己的信息，而柯南根據(jù)這些信息終于找到了他。犯人終于被捕，但事件卻還沒(méi)有結(jié)束，熊紋公司的社員井上先生有著太多的疑點(diǎn)，柯南能感覺(jué)到這件事情還不止這么簡(jiǎn)單。

備受期待的黑色玫瑰演唱會(huì)即將開(kāi)始，因?yàn)殚T票而卷入麻煩的園子又遇到了錯(cuò)怪她的古奈遙小姐，而古奈遙被偷走的門票竟然以事發(fā)咖啡廳的名義高價(jià)拍賣。還沒(méi)有出勤的雅子自然成為了被懷疑的對(duì)象，但當(dāng)他們前去詢問(wèn)時(shí)才發(fā)現(xiàn)雅子小姐已被人殺害，看似是偷竊殺人的現(xiàn)場(chǎng)卻讓柯南感覺(jué)到了強(qiáng)烈的違和感。

為了查出監(jiān)禁高木警官的地點(diǎn)，警方持續(xù)搜查的時(shí)候三位關(guān)系者漸漸浮上臺(tái)面，鎖定了可能是嫌疑犯的人后警方馬上進(jìn)行潛入，雖然向嫌疑人澄清了事件的真相，但早已服毒的嫌犯在沒(méi)有說(shuō)出監(jiān)禁地點(diǎn)的情況下死亡。另一方面，好不容易掙脫了雙腳束縛的高木警官丟下了腳邊的布后卻發(fā)現(xiàn)了綁在木板下的定時(shí)炸彈。

巧克力甜點(diǎn)師辻元先生在世界大賽上獲獎(jiǎng)的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設(shè)計(jì)師真悠子小姐的浪漫愛(ài)情也讓很多人憧憬。鈴木財(cái)團(tuán)的協(xié)助讓辻元的店鋪將在明天開(kāi)業(yè)，而園子和小蘭則是這個(gè)店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎(jiǎng)的作品時(shí)發(fā)生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經(jīng)看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。