被誤認為同學片岡純而遭到綁架的柯南成功的從廢棄建筑的地下室逃脫回來。在不斷的觀看錄像帶之后高木警官發現了車輛忽然消失的手法。很快綁架犯吉澤正發現被絞死在停在停車場的輕型四輪車中，在搜尋同伙的時候江崎幸子成為了重要嫌疑人。而在柯南的推理下真正的綁架同伙浮出水面。在佐藤和高木警官的協助下犯人終于被捕。

震撼警視廳 1200萬人質 (之一)佐藤警官回憶起了三年前發生的事情，當時她所在的搜查科來了一位叫松田陣平的警官，在目暮警官的要求下，她便常常和松田一起行動。某日，警局再次收到了連續三年都在這一天發來的傳真，看過內容后，松田不由分說的趕去摩天輪，并在那里發現了炸彈，為給四年前因炸彈而死的朋友荻原研二報仇，他只身犯險，卻不幸殉職。這時，柯南他們的聲音打斷了佐藤的回憶，一起吃飯的路上又遇到了高木和白鳥警官，豈料悲劇再度發生。

警方對鱒渕進行偵訊，而當時他卻并沒有不在場證明并且之前他曾與船木發生過爭吵，所以警方認定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊也展開了調查，柯南注意到來往這里火車，認為發現尸體的地方并不是案發的第一現場，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機，并且從附近警衛的口中得知鲇川也曾來過大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動機以及她的手法到底是什么？

在電梯邊被殺的中條寫下暗號『○×△』。還有一個文字是在殺害現場的電梯踏板邊的『□』。柯南從英語老師朱蒂的話中得到啟發，在調查死者的工作場所之后發現碎紙機的存在從而推理出死亡信息的真實意義。原來死亡信息很像是文字的部分，像記號般的文字。而在對照目暮警官拿著嫌疑犯的名單之后很快找到了兇手！

少年偵探隊為了看電影假面劍客的試映會，在有希子的帶領下來到東都現象所，可是由于某些原因，預定的試映時間必須向后延長，而有希子又要趕搭飛機先行離開，因此柯南等人就暫時留宿穗島先生家，沒想到的是在客廳沙發上睡覺的古村先生被不明人士用刀子刺向了心臟，當場身亡。