就在兇手企圖用球棒襲擊被騙到音樂(lè)室的小林老師時(shí)，他卻反過(guò)來(lái)被小林老師撂倒，這時(shí)，少年偵探團(tuán)和白鳥(niǎo)警官出現(xiàn)，原來(lái)小林老師早已被白鳥(niǎo)警官所保護(hù)而眼前這個(gè)人正是佐藤警官，期間，小林老師想起了以前在書(shū)店發(fā)生的事情，誤會(huì)消除的二人重歸于好。麒麟角是鈴木次郎吉在山中寺廟發(fā)現(xiàn)的寶物，而基德又以此為目標(biāo)出了預(yù)告函，次郎吉率領(lǐng)基德無(wú)法喬裝的少年偵探團(tuán)以及進(jìn)行直播的工作人員來(lái)到寺廟，麒麟像被藏在寺廟的立柱中間，想要拿取它并非易事……

前往海邊釣魚(yú)的柯南等人，在和代替阿笠博士來(lái)迎接他們的沖矢昴一起回去的路上，順道去了有著神奇?zhèn)髡f(shuō)的一角巖參觀，在這里大伙兒看到巖石上面刻著“青魚(yú)、鯉魚(yú)、鯛魚(yú)和比目魚(yú)”四種魚(yú)名并且還發(fā)現(xiàn)了一名身穿潛水服的女性遺體，雖然狀似意外脫水而亡但這卻瞞不過(guò)柯南的眼睛，根據(jù)口紅和調(diào)節(jié)器他推斷出這是一起殺人事件。

小五郎，柯南和小蘭三人在前往泡溫泉的路上遇到了一起交通意外，其中駕駛紅色車(chē)子的速水當(dāng)場(chǎng)死亡，另一位車(chē)主車(chē)谷整司則身受重傷，據(jù)當(dāng)?shù)亟痪f(shuō)發(fā)生車(chē)禍的原因可能是因?yàn)闆_撞路線現(xiàn)象，但柯南卻并不認(rèn)為這是單純的交通事故，因?yàn)樗霸诒憷暌?jiàn)過(guò)這兩輛車(chē)子，當(dāng)時(shí)明明是開(kāi)往不同的方向?yàn)槭裁磿?huì)如此巧合的發(fā)生相撞，調(diào)查之后，事情果然如他料想一般，這是一起有預(yù)謀的殺人案。

雖然根據(jù)收據(jù)知道了這13件t恤是在每個(gè)周日的12：28所購(gòu)買(mǎi)的物品，但專(zhuān)柜的銷(xiāo)售員卻不記得購(gòu)買(mǎi)人的長(zhǎng)相，與此同時(shí)，柯南從t恤上奇怪的折痕調(diào)查出了十多年前的登山家遇難事故，而這似乎與這起爆炸事件有特殊的關(guān)聯(lián)，就在人質(zhì)們開(kāi)始躁動(dòng)的時(shí)候，柯南將小五郎麻醉，并指出了放置炸彈的幕后黑手，而他就是……

來(lái)到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實(shí)，而此時(shí)柯南喝下了回國(guó)用的解毒劑暫時(shí)以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過(guò)程中小蘭從以前新一說(shuō)過(guò)的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過(guò)與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時(shí)小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫(xiě)著的就是接下來(lái)的線索。