女主播水無憐奈拜托小五郎調(diào)查一件奇怪的事情，她家的門鈴連續(xù)兩個月無故響起，但卻從未發(fā)現(xiàn)有任何人出現(xiàn)在附近的跡象，并且門口還曾出現(xiàn)過一瓶安眠藥，更離奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜里出現(xiàn)了聲響，聽完水無的描述，柯南在她家門口的墻上粘了發(fā)信器，企圖竊聽門外的動靜，之后，又獨自來到隔壁房間調(diào)查并在玻璃門上發(fā)現(xiàn)了“木、美、和”三個字。

柯南和光彥等人在放學(xué)的路上遇到了警察辦案，詢問得知，一個叫江上的婆婆被自己家陽臺的花盆意外砸死，鄰居們都把江上稱為“烏鴉婆婆”，她曾偶然在垃圾堆里翻出中獎券，于是便常常去翻垃圾窺探鄰居的隱私，而招致大家的反感，就在警方想以意外事件結(jié)案時，柯南察覺到從樓頂?shù)粝聛淼幕ㄅ韬芷婀郑?jīng)過調(diào)查，他認定這是一起蓄意殺人事件。

柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個別館的地下居然是一個巨大的迷宮，大家團結(jié)一致將衣服拆開，利用毛線引導(dǎo)道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結(jié)束時間只有三個小時，這時，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應(yīng)的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來，這時，時鐘不顧一切的沖向?qū)毑兀降资鞘裁慈耍?/p>

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時，眼前出現(xiàn)了一個洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……

這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說說英理前來拜托希望在她出門的這段時間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個自稱為桐下的男人來到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來的手機短信。因為短信的內(nèi)容像是什么暗號，桐下無法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號的意義。