某日，一個(gè)自稱柯南媽媽的陌生女人來(lái)接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因?yàn)樗宄履霞业牡准?xì)以及他的真實(shí)身份，期間，柯南雖趁機(jī)逃脫，但去找阿笠博士的時(shí)再次候被抓，他聽(tīng)到了那個(gè)女人和一個(gè)面具男討論交易藥物的事情，待他們離開(kāi)后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點(diǎn)，可不幸的是他行跡暴露，面具人對(duì)他槍口相向……

少年偵探團(tuán)在海灘度假的時(shí)候，偶然認(rèn)識(shí)了春日財(cái)團(tuán)的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時(shí)撿到了小忍發(fā)出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們?cè)谝粋€(gè)洞窟找到小忍，原來(lái)這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無(wú)法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質(zhì)，關(guān)鍵時(shí)候小蘭趕來(lái)，將春日制服。

這時(shí)，二樓傳來(lái)老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發(fā)現(xiàn)下田被人勒死，柯南立即開(kāi)始找兇器，但并未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來(lái)的搜尋中，柯南在下田脖子上發(fā)現(xiàn)了頭發(fā)，兇手就是那個(gè)人！可是該通過(guò)誰(shuí)之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時(shí)，他想到以工藤的的身份讓小蘭用便攜電話說(shuō)出真相，而小蘭卻在得知真相后痛哭不已。

小五郎三人陰錯(cuò)陽(yáng)差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時(shí)，簱本當(dāng)家豪藏找孫女婿小武談話，他識(shí)破了小武是自己害死的對(duì)頭財(cái)誠(chéng)勇夫的兒子。當(dāng)大家都在餐廳用餐時(shí)，突然傳來(lái)管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關(guān)進(jìn)倉(cāng)庫(kù)，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長(zhǎng)孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見(jiàn)了蹤影。

柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時(shí)，理事長(zhǎng)室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰(shuí)是犯人時(shí)，棒球隊(duì)主投小偉自首說(shuō)這件事是自己做的，而他的母親卻說(shuō)是她做的，柯南認(rèn)為事情不會(huì)那么簡(jiǎn)單，便和園子偷偷溜到理事長(zhǎng)室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰(shuí)，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長(zhǎng)室揭露了兇手。