這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時(shí)巧遇大學(xué)時(shí)代的同學(xué)大村。因?yàn)橛惺律塘克麄円煌搅舜蟠宓墓ⅰＴ谖堇锖炔枵f話時(shí)，窗戶玻璃突然碎了而在樓下的馬路上突然有個(gè)男人倒地身亡。在警方調(diào)查下發(fā)現(xiàn)死者生田是在和同學(xué)聚會(huì)的途中出去后死亡的。而在勘察了現(xiàn)場之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人使尸體自動(dòng)摔下的手法并以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認(rèn)了罪行并坦白了自己殺人的原因。

某日，一個(gè)自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因?yàn)樗宄履霞业牡准?xì)以及他的真實(shí)身份，期間，柯南雖趁機(jī)逃脫，但去找阿笠博士的時(shí)再次候被抓，他聽到了那個(gè)女人和一個(gè)面具男討論交易藥物的事情，待他們離開后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點(diǎn)，可不幸的是他行跡暴露，面具人對(duì)他槍口相向……

園子和小蘭被邀請(qǐng)去皆川家參加情人節(jié)派對(duì)，柯南悄悄尾隨卻被發(fā)現(xiàn)。皆川的母親熱情招待各位，但皆川卻是一副不耐煩的樣子，他拒絕了青梅竹馬關(guān)谷香的巧克力，又對(duì)直道和若松冷嘲熱諷，狀態(tài)不佳的他決定外出透氣，他的心儀對(duì)象好美也一起跟去，突然一聲尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是誰在情人節(jié)制造了慘劇？

柯南、小蘭和小五郎碰帶了一個(gè)深情恍惚的少女，送去醫(yī)院檢查后，醫(yī)生說少女暫時(shí)失去記憶，幾人從僅有的信息中找到了她所住的飯店，柯南不停的詢問讓少女頭疼而跑出酒店，突然有一輛汽車迎面開來，但少女靈敏被避開，調(diào)查過程中柯南發(fā)現(xiàn)這名女子身手矯健總能避開危險(xiǎn)，她到底是什么人？為什么總遭到襲擊？

新一遭到某人綁架到白色房間，而且被迫回想起許多過去發(fā)生的案件。新一好像突然想到什麼，對(duì)著小蘭說”這一切都是你做的”。可是就在此時(shí)，兩人突然被玻璃隔開，房間里放出白色的煙霧，不久後兩人都失去了意識(shí)。當(dāng)新一醒來的時(shí)候，已經(jīng)離開白色房間，而且在現(xiàn)場有很多警察。第一個(gè)反應(yīng)就是要找小蘭的他，卻發(fā)現(xiàn)法醫(yī)站在小蘭身邊，而且後來還告訴她小蘭已經(jīng)死掉的消息...