看到防盜鎖上膠帶的痕跡，又通過(guò)試驗(yàn)證實(shí)自己的推測(cè)，柯南輕松破解密室難題。在調(diào)查過(guò)程中，柯南在銅像附近找到了自己掉落的鋼筆，他注意到酒店下的風(fēng)，詢(xún)問(wèn)得知這叫「公主風(fēng)」，將「公主風(fēng)」和其他七位旅客的房間位置結(jié)合，柯南斷定兇手就是那個(gè)人，這時(shí)，小蘭急匆匆跑來(lái)說(shuō)找到可以洗清前田嫌疑的證據(jù)，柯南利用小五郎展開(kāi)了一場(chǎng)精彩的推理和實(shí)驗(yàn)。

少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹(shù)找貓的時(shí)候，無(wú)意中在一戶(hù)人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來(lái)警察調(diào)查，開(kāi)門(mén)的是一個(gè)脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見(jiàn)了，而這個(gè)大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺(jué)讓警察隨便找，這時(shí)，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過(guò)一天的搜查，警察無(wú)獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險(xiǎn)……

小蘭的同學(xué)直子被綁架，當(dāng)歹徒發(fā)現(xiàn)有警察時(shí)，便放棄交易開(kāi)車(chē)沖進(jìn)海里，直子再次下落不明，直子父親的秘書(shū)花井很是擔(dān)心。某日，小五郎突然接到不要在調(diào)查此事的要求，柯南察覺(jué)事有蹊蹺，暗暗潛入直子家后聽(tīng)到了花井和直子爸爸的談話(huà)，原來(lái)直子的爸爸再次接到歹徒電話(huà)，但他卻不愿花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在后備箱里，跟著他們來(lái)到交易場(chǎng)所，見(jiàn)到了所謂的「歹徒」。

七年前載滿(mǎn)相當(dāng)于十億日元金子的竜神號(hào)，突然出現(xiàn)在敷島海面。以幽靈船為噱頭的村長(zhǎng)三上邀請(qǐng)小五郎來(lái)演講，而他的真正目的是拜托小五郎找到金子的所在。演講時(shí)，小五郎差點(diǎn)喪命講臺(tái)，兇手很有可能是島上的守衛(wèi)浜田，和旅行社職員上原，兩人也似乎是舊識(shí)。當(dāng)晚小五郎一路追蹤襲擊他的武士，卻被人打暈掉入了兇手的陷阱，成了殺害浜田的兇手。

柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時(shí)，理事長(zhǎng)室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰(shuí)是犯人時(shí)，棒球隊(duì)主投小偉自首說(shuō)這件事是自己做的，而他的母親卻說(shuō)是她做的，柯南認(rèn)為事情不會(huì)那么簡(jiǎn)單，便和園子偷偷溜到理事長(zhǎng)室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰(shuí)，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長(zhǎng)室揭露了兇手。