經(jīng)過(guò)不斷的調(diào)查，柯南和平次終于知道了這起事件的始末，而小光這時(shí)又收到了來(lái)自洋房主人的簡(jiǎn)訊。假冒小光的合葉在小蘭的幫助下一同打倒了埋伏在南蠻房間里的兇手，敗露了行動(dòng)的兇手趁著昏暗的光線從暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而兇手在燈光下顯現(xiàn)出來(lái)的臉是……

現(xiàn)場(chǎng)的鄰居是前男友（后篇）

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

八號(hào)車(chē)廂里的殺人事件已經(jīng)偵破，而有希子與苦艾酒的對(duì)峙還沒(méi)有結(jié)束，在八號(hào)車(chē)廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計(jì)劃的一樣，隨著列車(chē)的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團(tuán)一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來(lái)協(xié)助柯南的究竟是何方神圣？

這起靈異殺人事件所用到的手法柯南和平次基本都清楚了，在他們?yōu)榇蠹医沂玖诉@些看似詭異的手法后又發(fā)生了命案，這次被害的是消失已久的長(zhǎng)女。案件又陷入了謎團(tuán)，擔(dān)心被害的人們都躲在自己的房間里，而女仆小光的一個(gè)提示讓柯南和平次找到了新的線索，但他們現(xiàn)在還缺少?zèng)Q定性證據(jù)。