旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍(lán)子的出現(xiàn)，氣氛緩和許多。但就在幾小時(shí)后，龍藏在自己家被人殺害了。在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實(shí)就是自己的親人，因?yàn)榈貌坏礁赣H贊同和支持而疼下殺手。

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發(fā)抖，并在茱蒂老師詢問灰原身份時(shí)，對(duì)柯南發(fā)出暗示，柯南突然意識(shí)到可能有黑衣組織的人在車上，然而當(dāng)務(wù)之急是找出歹徒的同伙，當(dāng)公車駛?cè)胨淼罆r(shí)，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準(zhǔn)備帶走一名人質(zhì)以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計(jì)劃，他指揮少年偵探隊(duì)做好準(zhǔn)備，在公車出隧道的一瞬間采取行動(dòng)……

當(dāng)大家趕到神像處時(shí)，榮造早已氣絕身亡，聞?dòng)嵹s來的警察也迅速介入調(diào)查，當(dāng)前唯一可以確定的是，兇手就在當(dāng)時(shí)搭乘纜車的人之中，柯南注意到了山下的工人休息室便趁大家不注意的時(shí)候跑去調(diào)查，卻在這里發(fā)現(xiàn)……有了這樣?xùn)|西，一切謎題迎刃而解，他提出讓大家再次搭乘纜車以場(chǎng)景重演的建議，并麻醉小五郎說出了事情的真相。

某天突然神秘女子池波來到事務(wù)所說要尋找中學(xué)同學(xué)柴田。通過池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他們一行人立刻去了柴田家。就在進(jìn)入池田家的時(shí)候卻發(fā)現(xiàn)池田已經(jīng)被殺害而死時(shí)手里捏著的正式池波年輕時(shí)的照片！而柯南對(duì)這位委托人不夠完美的說詞充滿了疑問。在不斷的調(diào)查中柯南發(fā)現(xiàn)神秘女子的疑團(tuán)不斷增多，池波究竟是何方神圣？

倫太郎家的餐廳來了一個(gè)叫龜倉雄二的人，在他以報(bào)恩為目的來到這里之后，倫太郎家原本的冷清的餐廳因龜倉的努力而漸漸生意興隆起來，可倫太郎總覺得事情沒那么簡(jiǎn)單，便拜托少年偵探隊(duì)進(jìn)行調(diào)查。龜倉以想菜單為由總把自己關(guān)在屋子里，這讓柯南等人覺得很可疑，這時(shí)，光彥想到了福爾摩斯里的紅番聯(lián)盟案件，于是大家便以這個(gè)案件為參考展開了調(diào)查，柯南認(rèn)為光彥等人的推理都不可靠，然而事情的真相卻將柯南狠狠打擊了一番。