柯南他們在一家新開的飯店吃飯時，碰巧遇到了參加聯誼的高木和佐藤警官，然而，在聯誼進行的同時，參加者江本彩的五歲表弟浩太被人綁架，根據彩和她弟弟將史的說法，警察將目標鎖定在將史的三個朋友之中，可是，經過一一調查卻并沒有發現有何異樣，難道犯人不在他們之中？

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時，眼前出現了一個洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發生了……

由美說今天并沒發生交通意外什么的，這可讓柯南犯了難，就在這時，便利店店長的一句話給了柯南提示，為證實自己的想法他還去翻垃圾桶，所幸一切如他料想一般，于是，大家一起乘由美的車來到一座舊倉庫，可遺憾的是他們并沒有找到翔子，反而看到了兩只小貓，知道了翔子的秘密后，柯南又在倉庫外發現了出車禍的痕跡，難道說翔子有危險？

服部平次和遠山和葉特地趕到東京，邀約柯南和小蘭一起去大阪看甲子園球賽和寶塚歌舞，不巧的是這兩個節目居然在同一天舉行，為了決定看什么，服部和和葉爭論不休，這時小五郎提議進行一場推理賽來決定去哪里，他將警方委托他調查一起殺人事件交給了平次和和葉。這起案件的死者是玩具公司的社長，在案發現場服部準確的說出了死亡方式以及兇器，并且還發現了死者用積木留下的死亡訊息，和葉心有不甘也認真投入到暗號的破解之中，這兩個人到底誰更勝一籌呢？

為調查真相，柯南又重返兩個案發現場，沒想到會有新的發現，他從鑒識人員那里得到了小提琴琴橋以及指揮棒的尖端，只要有這兩個東西，蓮希奶奶自殺的結論就可以被推翻，柯南依舊利用老方法把小五郎麻醉，將四名最有嫌疑的人叫道蓮希奶奶死時所在的房間，將兩年前以及今天所發生的慘案真相一一道出……