柯南眾人手表雖然找到了，但在護(hù)田家看MP4電影的出月被殺害了。柯南確信護(hù)田就是兇手，在調(diào)查了錄影帶機(jī)附近之后終于找到犯人利用錄影帶機(jī)而用花瓶砸暈出月的事實(shí)。而與此同時(shí)警局內(nèi)有關(guān)毛利的卷宗全部被翻閱過的事實(shí)讓柯南驚覺自己是不是被黑衣人組織再次盯上了。在解決時(shí)間之后柯南匆忙回到事務(wù)所發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無一人原來只是虛驚一場(chǎng)。

被害的真紀(jì)的因?yàn)殄X包不見了，被疑為是強(qiáng)盜殺人。乍看之下雖然像是強(qiáng)盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學(xué)生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場(chǎng)證明是否可以確立，這時(shí)這一行人中復(fù)雜的人際關(guān)系一點(diǎn)一點(diǎn)浮現(xiàn)出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個(gè)邪惡的計(jì)劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。

霧之峰賓館的主人寺院晚上開車出去兜風(fēng)，第二天在停車場(chǎng)發(fā)現(xiàn)坐在車子里的寺院已經(jīng)死了。在調(diào)查的過程中發(fā)現(xiàn)每個(gè)人和寺院似乎都有過節(jié)。柯南發(fā)現(xiàn)車罩上裂痕的疑點(diǎn)，而停車場(chǎng)看守的證詞又增加了疑團(tuán)。最終柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并當(dāng)場(chǎng)演示給眾人，而殘留的焦油也暴露了兇手的身份。

為了采集蘑菇少年偵探隊(duì)一行人全部進(jìn)了山里，忙著采菇的時(shí)候，元太竟然誤入狩獵區(qū)。無奈之下，大家只好兵分兩路分頭尋找，沒想到灰原和光彥居然發(fā)現(xiàn)被人獵殺的尸體，害他們自己反成了射殺的目標(biāo)。另一邊，找到元太之后，大伙兒便和三名獵人一起沿著山區(qū)的小路尋找灰原和光彥的蹤影。

小五郎因?yàn)橹辛瞬势睅е√m和柯南一起享受可以在南紀(jì)白濱住上一晚的旅行，并在那里結(jié)識(shí)了寫生旅行的醫(yī)科大學(xué)學(xué)生新莊真紀(jì)，由良達(dá)彥，宮原加奈子，藤浩太，三井元，五人之間似乎有著復(fù)雜的關(guān)系。第二天毛利他們偶然遇見了藤浩。正巧慌張的三井給藤浩的手機(jī)打來了電話說三段壁的樹林里發(fā)現(xiàn)真紀(jì)胸口中刀被殺。而柯南發(fā)現(xiàn)散落在現(xiàn)場(chǎng)鑰匙的疑點(diǎn)。