因接到電視臺的邀請，小五郎便帶著柯南和小蘭飛到沖繩，參加一個與職棒選手能勢和主持人本山對談的節目錄制。在機場與本山會合之后，一行人打算去能勢下榻的酒店接他，沒想到卻在半路發現了能勢的尸體，期間，本山的一句話讓柯南認定他就是兇手，可能勢死亡的時候，他正在飛機上，因此有充分的不在場證明，那么，他到底是如何往返于兩個地方犯案的？

柯南他們在一家新開的飯店吃飯時，碰巧遇到了參加聯誼的高木和佐藤警官，然而，在聯誼進行的同時，參加者江本彩的五歲表弟浩太被人綁架，根據彩和她弟弟將史的說法，警察將目標鎖定在將史的三個朋友之中，可是，經過一一調查卻并沒有發現有何異樣，難道犯人不在他們之中？

小五郎在樓下喝咖啡時，看服務員祥子心事重重的樣子，詢問得知，一個一直給她發MAIL的小男孩小滿，今天突然給她發了四封奇怪的訊息，想到小滿可能遇到危險，大家都十分擔心，可當務之急是確定小滿的位置，根據祥子提供的線索，柯南把目標鎖定在中洗、久更津和枯前崎三個地方，但打電話過去詢問卻并未查到他們的蹤跡，小滿到底出了什么事情？

小五郎要去參加米花街業余文藝會演，于是便與柯南，目暮警官和街道主管上島長郎一同前往會場。途中，小五郎等人順路去了目黑美彌開的飯館。大會結束后，只剩下了有人找的市松留了下來。小五郎，上島等人則去咖啡館“meruhenn”繼續第二攤。不久后目暮警官卻接到電話報告說市松被刺！最終在柯南的推理下終于揭開了事件的真相。

大家找到校長詢問他下雨的時候是否出現在操場，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實校長的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國繁，因為他與保坂從小一起長大，所以又了解了更多關于保坂的事情，這時，小蘭在走廊的木板上發現污漬，柯南將這些污漬與操場上出現的刮痕相聯系，沒錯，制造靈異事件的就是那個人!