白鳥(niǎo)警官的車突然發(fā)生爆炸，所幸他并沒(méi)有當(dāng)場(chǎng)死亡而是被立馬送去了醫(yī)院，在他的手中，佐藤警官還發(fā)現(xiàn)一封和三年前相似風(fēng)格的挑戰(zhàn)書(shū)，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開(kāi)調(diào)查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個(gè)爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產(chǎn)生了誤會(huì)，而導(dǎo)致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來(lái)的歹徒便安放炸彈報(bào)復(fù)警察。

在從伊豆回來(lái)的路上，因?yàn)樾∥謇傻能囎映隽斯收希履系热私枳URON健康器具公司的山莊。而此時(shí)，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時(shí)刻。第三開(kāi)發(fā)部部長(zhǎng)平松正樹(shù)的制品馬上就要被采用了，然而社長(zhǎng)梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車禍身亡。看似事故的現(xiàn)場(chǎng)柯南卻有著不一樣的看法。

藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來(lái)了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬(wàn)日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬(wàn)日元，之后因?yàn)闊o(wú)力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時(shí)到達(dá)那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時(shí)通過(guò)監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨(dú)自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過(guò)去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。

玄田宅招供自己就是犯人。柯南、平次和弓長(zhǎng)警部在玄田家里發(fā)現(xiàn)了竊聽(tīng)器。而且從諸角亮子手上緊緊抓住的坐墊上找到了更有力的物證。在向諸角明和曾我操夫、權(quán)藤系子報(bào)告了搜查的結(jié)果之后的晚上，玄田家里出現(xiàn)了三個(gè)人神秘的身影，而兇手和縱火犯的真面目也終于揭曉。而兇手利用連鎖縱火案來(lái)殺害亮子的手法也水落石出。

在聽(tīng)取了觀野家主婦節(jié)子與她的婆婆彌生、以及事件前剛剛到訪的津曲水貴和三重仿春4人的供詞之后。柯南從女兒節(jié)人偶的排列方式上發(fā)現(xiàn)了事件的真相。在柯南的解說(shuō)之下大家終于找到消失掉的卷軸。而藏起這個(gè)卷軸的正是老婆婆。她告訴眾人這幅卷軸的由來(lái)以及自己為了孩子賣掉卷軸的事情。而詛咒的卷軸的謠言也最終不攻自破了。