柯南和少年偵探團(tuán)幾天來一直覺得元太的舉止怪怪的，便追問元太，元太說他因?yàn)槟繐袅诉B續(xù)搶劫案的罪犯而正被追殺，這時(shí)從商場頂樓有鐵材向元太落下來讓原本以為只是元太想多了的柯南眾人也認(rèn)真起來了。元太聲稱見到連續(xù)強(qiáng)盜犯卻忘記在哪里看到的。在不斷的回憶前幾天的事情之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到元太看到盜賊犯。

柯南在從大阪回來的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉。途中車內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時(shí)留下高木警官的時(shí)候，犯人小倉要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉血跡的疑點(diǎn)，并推斷出這是他殺時(shí)間而非自殺。

一個(gè)名叫護(hù)田的男子來到毛利偵探事務(wù)所。說是要找亡妻的手表，但當(dāng)他聽到毛利小五郎的名字時(shí)又打算逃走，此時(shí)少年偵探團(tuán)的各位自告奮勇接受委托。在尋找亡妻的手表的過程中護(hù)田的房東出月在房間里看電影。突然在那個(gè)房間傳來有東西破碎的聲音后出月竟然被花瓶砸死！看似是外部作案的現(xiàn)場卻遺留了眾多的疑點(diǎn)。

服部收到了一封古怪的委托信，于是，他們一行人便來到了美國島，沒想到這封信的寄件人紗織卻在三天前失去了蹤影，當(dāng)晚，島上熱烈的慶祝一年一度的儒艮慶典活動(dòng)，傳說有位吃過人魚肉的長壽婆，任何人只要拿到她念過咒的儒艮之箭，就能實(shí)現(xiàn)長生不老的美夢，但就在慶典進(jìn)行期間，沙織的朋友壽美竟然被人發(fā)現(xiàn)勒死在瀑布上，服部和柯南認(rèn)為這是一起殺人事件并著手進(jìn)行調(diào)查，然而在為壽美守靈的晚上又發(fā)生了一件慘案。

巧遇上新出老師的三人繼續(xù)關(guān)注事態(tài)發(fā)展。在隔壁房間偷看的柯南一邊看一邊以新一的聲音聯(lián)系高木。而以日落前為約定的誓言之吻讓大家更替高木擔(dān)心。在柯南的幫助下，高木推理出了犯人。但在追捕犯人之后，日落也就在眼前了。垂頭喪氣的高木欲放棄但最終決定堅(jiān)持下去。時(shí)間到，佐藤警官遵守預(yù)定但關(guān)鍵時(shí)刻，“高木”警官竟然出現(xiàn)了？