警方將犯案嫌疑鎖定在三個(gè)人身上，偵訊中警察發(fā)現(xiàn)他們都對(duì)唯利是圖的死者恨之入骨，之后，小林老師魂不守舍的聽(tīng)完了其中兩人的錄音但表示這都不是兇手的聲音便匆匆離開(kāi)了警局。次日，白鳥(niǎo)警官主動(dòng)來(lái)到帝丹小學(xué)向誤會(huì)他的小林老師表明心跡，不想?yún)s遭到了拒絕，當(dāng)晚，情緒低落的小林老師一人在學(xué)校值班，然而，危險(xiǎn)卻悄悄向她逼近……

小五郎，柯南和小蘭三人在前往泡溫泉的路上遇到了一起交通意外，其中駕駛紅色車(chē)子的速水當(dāng)場(chǎng)死亡，另一位車(chē)主車(chē)谷整司則身受重傷，據(jù)當(dāng)?shù)亟痪f(shuō)發(fā)生車(chē)禍的原因可能是因?yàn)闆_撞路線現(xiàn)象，但柯南卻并不認(rèn)為這是單純的交通事故，因?yàn)樗霸诒憷暌?jiàn)過(guò)這兩輛車(chē)子，當(dāng)時(shí)明明是開(kāi)往不同的方向?yàn)槭裁磿?huì)如此巧合的發(fā)生相撞，調(diào)查之后，事情果然如他料想一般，這是一起有預(yù)謀的殺人案。

這兩人竟然是長(zhǎng)野縣警官上原由衣和大和敢助，他們此次前來(lái)的目的是讓柯南和小五郎幫忙破解沾滿鮮血的赤壁之謎！于是一行人來(lái)到案發(fā)的希望之館，這里曾經(jīng)住著六個(gè)很有才華的年輕人，自從三年前一名女性小葵心臟病發(fā)去世之后，她的丈夫明石周作就獨(dú)自一人留在館內(nèi)生活，可是他卻被人鎖在館內(nèi)的屋中活活餓死，如今能看到的只有他留下的奇特死亡訊息，這時(shí)，大和警官的死對(duì)頭諸伏高明警官也來(lái)到館內(nèi)進(jìn)行調(diào)查。

案件終于有了眉目，就在柯南和大和針對(duì)謎題展開(kāi)討論時(shí)，高明從昏迷中蘇醒，三人一起計(jì)劃了一出空城計(jì)。他們故意對(duì)三個(gè)嫌疑人放出關(guān)鍵信息，引誘他前去直木司郎家找重要的證據(jù)，果然不所料兇手暗中潛伏在直木司郎家附近，為了讓狡猾的他放松警惕，柯南聯(lián)合小蘭、大和等人上演了一場(chǎng)能證明周遭沒(méi)有警察的犯罪戲碼，引誘兇手自投羅網(wǎng)。

小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂?shù)臅r(shí)候，發(fā)現(xiàn)了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因?yàn)槟_底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺(jué)到了其中的蹊蹺，警察找來(lái)屋頂菜園的其他三名種植者進(jìn)行偵訊，每個(gè)人都沒(méi)有不在場(chǎng)的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當(dāng)大伙兒再次來(lái)到菜園進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了一塊奇怪的磚頭，而這無(wú)疑是找出兇手的關(guān)鍵線索。