小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！

在找到的眾多刀具中，并沒有發(fā)現(xiàn)婆婆半夜所打磨的刀，并且阿笠博士發(fā)現(xiàn)自己帶來露營用的錘子也不見了蹤跡，就在柯南思考兇手為何拿走錘子時(shí)，步美正準(zhǔn)備向魚缸里倒水，他也由此而注意到了水位的下降，斷定兇器就在魚缸中，那么兇手就一定是他！期間，柯南還發(fā)現(xiàn)了婆婆幾十年前就離家的孫子翔太，許久未見，孫子又會(huì)以什么樣的表情面對婆婆呢？

小蘭和園子去吃帶上小學(xué)生才能打折的巨龍之山奶油圣代?？履嫌X得無聊去商場廁所時(shí)看到了高木、千葉和5歲的人質(zhì)結(jié)誠佳代子的媽媽?？履先サ叵峦＼噲鼋饩攘思汛?，卻反被殺人犯大嶺良介當(dāng)人質(zhì)劫車帶走。小蘭找來了毛利小五郞救柯南。車上，柯南得知大嶺在涉谷開搶殺了柔道黑段、經(jīng)常拖欠工人工資而引發(fā)金錢糾紛的恩田和美。原因是替開發(fā)過許多游戲卻沒得到應(yīng)得數(shù)目的工資的朋友金山報(bào)仇。柯南企圖逃走，黑暗中有人對柯南開槍，大嶺救了柯南，柯南找來阿笠博士幫忙掩護(hù)。在毛利的調(diào)查中，幕后嫌疑人有三個(gè)。。。

柯南在和大家一起吃壽司的時(shí)候?qū)⑿∥謇陕樽?，?dāng)面戳穿了前來領(lǐng)獎(jiǎng)的兩名冒牌貨，幫胡桃找到了記憶中的少年。雖然這件事情成功解決，但是十五年前的連續(xù)殺人案卻依舊找不到眉目，案件將在三天后失效，可目前追查兇手的線索卻只有有兩條。在柯南一行人去步美家玩的時(shí)候，灰原說自己在這棟公寓里遇見了一個(gè)穿著大衣吹著口哨的男人，難道十五年前的殺人兇手出現(xiàn)了？

在去往餐館的路上，柯南和小五郎目睹了一起車禍，所幸受害者立松新三郎和小此木清隆都沒有生命危險(xiǎn)，本以為這是場單純的車禍，但有目擊者表示那輛肇事車并非偶然經(jīng)過，如此看來這是一起殺人未遂案件。隨后警察找來了小此木的外甥和她未婚妻一倉分別進(jìn)行了偵訊卻并未發(fā)現(xiàn)異常，這時(shí)，“日本第一倒霉的男人”立松說歹徒的目的是置他于死地，事情的真相果真如立松所說嗎？