這天是米花大學(xué)的校慶，小五郎作為畢業(yè)嘉賓帶著柯南，小蘭和園子前來參加。這是米花大學(xué)學(xué)生辻榮尊座邀請小蘭來幫忙看看僵尸表演是否到位。之后柯南，小蘭和園子在尊座和貴士的帶領(lǐng)下參觀了他們設(shè)計(jì)的絕叫病棟，就在被他們精湛的設(shè)計(jì)和表演嚇到的同時(shí)發(fā)現(xiàn)成員之一安菜沒有按計(jì)劃起身嚇人，走進(jìn)之后發(fā)現(xiàn)安菜已經(jīng)中毒身亡！隨著調(diào)查的深入，一個月之前橋口中毒身亡的事情也逐漸浮出水面。

解決了暗號事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進(jìn)入即將拆遷的大樓內(nèi)來玩捉迷藏。就在這時(shí)元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們在搜尋的過程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團(tuán)們開始尋找被困的人，就在這時(shí)之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！

柯南和小蘭在東都環(huán)狀線列車上遇見了一位見義勇為的老人，然而，沒想到當(dāng)他們再次見面時(shí)卻是在殺人現(xiàn)場，死者是詐騙集團(tuán)的通緝犯，而這位名叫法月的老人正是此案的目擊證人，他說自己曾看到同是詐騙犯的桐谷出沒案發(fā)現(xiàn)場，但桐谷卻大喊冤屈，期間，柯南察覺到老先生法月的證詞有疑點(diǎn)，深入調(diào)查后，真相果然如他料想一般。

雖然根據(jù)收據(jù)知道了這13件t恤是在每個周日的12：28所購買的物品，但專柜的銷售員卻不記得購買人的長相，與此同時(shí)，柯南從t恤上奇怪的折痕調(diào)查出了十多年前的登山家遇難事故，而這似乎與這起爆炸事件有特殊的關(guān)聯(lián)，就在人質(zhì)們開始躁動的時(shí)候，柯南將小五郎麻醉，并指出了放置炸彈的幕后黑手，而他就是……

小五郎帶柯南和小蘭去露天浴場泡溫泉的時(shí)候，聽到了咔嚓咔嚓的石頭滑落聲，當(dāng)他們尋聲趕到后，發(fā)現(xiàn)不動產(chǎn)社長梅津英章已經(jīng)沒了呼吸，這起看似意外的事件其實(shí)是樁蓄意殺人案，警察對在場的嫌疑人即死者的女兒麻麗、泰子、秘書八木橋以及浴場老板進(jìn)行偵訊，期間，一條擰干的毛巾從麻麗的包包中掉了出來，小五郎認(rèn)為這是她為了不留指紋而使用手法，就在他準(zhǔn)備揭穿所謂的兇手時(shí)，知道真相的柯南將他麻醉揪出了真正的兇手！