利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？

千葉警官在警局四處詢問有關“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽奈的女高中生來到毛利事務所，委托小五郎調查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發生殺人案件，這兩者是否有聯系？

和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個從現場消失的名叫淺香的保鏢，其真實身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時候聽到了電視臺打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當柯南和小五郎趕到指定賓館時又一起兇殺案發生了。

外出露營的少年偵探團為了避雨來到了一棟別墅，別墅內的男傭人告訴大家最近房間內有幽靈出現。在交談中，柯南等人得知別墅的女主人不久前剛剛去世，而男主人則認為幽靈是女主人回到了家中。關于出現幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團一同查明真相。

唐三帶著小舞急匆匆趕回學苑，準備參加下午的魂師會長競選大會，小舞信心滿滿，沒想到競選大會早已經結束了，蕭塵宇仗著人多勢眾當選了魂師會會長，還給附課生準備了一份課程表，上午干活，下午還要工作，不但沒有時間上課，就連魂力訓練也不能參加，根本不可能提升武魂，蕭塵宇擺明就是針對唐三和小舞，王圣忍不住替唐三打抱不平，勸他們倆趁早逃走，因為諾丁城和學苑都是蕭氏家族的。唐三無意中發現城主府的魂師凌風派人抬著一個笨重的鐵籠子來到學苑，柳龍把他們帶到后院一間空房子里。唐三滿腹疑慮，就用意念召喚藍銀草，想進去一看究竟，可唐三連試了幾次都不成功，他穩定心神讓自己靜下心來，藍銀草越長越大，他借助藤蔓爬上房頂，看到鐵籠子里是一只幽冥狼，那是凌風抓來的，蕭塵宇拔劍殺死了這只狼，鐵籠子上方出現一圈白色的魂環，蕭塵宇把魂環緊緊握在手心里，他瞬間成為真正的魂師，揚言要和唐三決一死戰。唐三連夜去找玉小剛請教，玉小剛勸他趁早放棄，蕭塵宇想要的是小舞，唐三不服氣，玉小剛答應幫他獲得魂環，讓他今晚準時來見面。深夜時分，唐三看到小舞已經熟睡，就匆匆趕來見玉小剛，玉小剛要帶他去獵獸森林打魂獸得魂環，可是需要武魂殿的通關手令才能進森