小五郎一行人駕車來到杯戶中央橋卻并沒有任何發(fā)現(xiàn)，這時，園子突然打來電話，小蘭從園子那里得知了板垣樂隊的標志正是釘子，于是一行人又來到了附近的紋身店，并從顧客所留的照片中將嫌疑鎖定在三個身上，如今有關(guān)鋸子和釘子的線索都得到了解釋，那目擊者所看到的錘子又是什么呢？注意到對面的大樓后，柯南知道所謂的錘子，在他的提示下小五郎找到了兇手。回家路上，柯南洞察到了本堂瑛佑的意圖，他到底是什么人？

小五郎，蘭，柯南一行人受到虎田直信的委托，負責調(diào)查他的兒子義郎離奇死亡的案件，與此同時，服部在虎田的死對頭龍尾家調(diào)查他兒子康司的死亡，與義郎相同，康司的尸體旁也擺放了一只死蜈蚣。當晚，和葉和小蘭看到了身著鎧甲的戰(zhàn)敗武士的影子，得知此事后，龍尾家的綾華神大驚失色跑了出去，而發(fā)現(xiàn)她的時候，她已經(jīng)被吊死在一顆樹上，腳下同樣出現(xiàn)了一只死蜈蚣。

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個牛皮錢包，那里放了小學一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！

妃英理找到企圖辭職的九條檢察官，并告訴她竹內(nèi)的死并非自殺而是經(jīng)過策劃的謀殺案件，得知此事九條檢察官決定和妃英理一起在法庭上將真相公之于眾。審判過程中，小五郎以辯方的特別證人出現(xiàn)，他不但說明了竹內(nèi)夫婦早已名存實亡的婚姻，還將五年前竹內(nèi)違法建筑案的內(nèi)幕也說了出來，然而最關(guān)鍵的竹內(nèi)死亡之謎還是由柯南道出真相！

柯南在和阿笠博士，步美等人一起去酒店吃自助餐的時候，將事情的來龍去脈全部告訴了灰原，沒過一會兒，高木警官趕來辦案，柯南詢問后得知這家酒店里的一家藝人事務(wù)所社長被人槍殺，在他的提醒下，警察抓到了三名有嫌疑作案的人，而其中一名竟然是FBI的搜查官卡梅隆，因為不能暴露身份，所以他接受偵訊時支支吾吾的表現(xiàn)更顯可疑，于是，柯南打電話給茱蒂老師讓她前來解圍。