柯南一直到吃晚飯的時(shí)候都還不見(jiàn)蹤影，博士去找他時(shí)也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人決定在古堡進(jìn)行搜索，然而他們卻沒(méi)有發(fā)現(xiàn)兇手正悄悄跟在他們后面，大家跟著灰原來(lái)到柯南消失的密室，并發(fā)現(xiàn)了血跡和石頭上的留言，古堡越來(lái)越詭異，之后，光彥和元太也不知了去向，步美和灰原進(jìn)一步深入古堡，就在她們也發(fā)現(xiàn)那具骷髏時(shí)，兇手出現(xiàn)。

在插花藝術(shù)家岡野利香的個(gè)人紀(jì)念發(fā)表會(huì)上，酒店的經(jīng)理白木突然離奇死亡，柯南注意到白木胸前的花，在偷偷潛入岡野利香的房間后，成功找到氟化氯和氫酸硅化物，看來(lái)兇手還要繼續(xù)殺人，當(dāng)柯南看到舞臺(tái)岡野利香用以表演的花朵時(shí)，便急忙阻止它們綻放，因?yàn)榘啄舅劳龅拿孛芫筒卦谶@些花朵之中。

原來(lái)這個(gè)叫葉才三的人，就是二十年前「四億元強(qiáng)盜殺人案」的主謀，鮫崎和小武郎急忙趕到葉才三所在的101號(hào)房卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無(wú)一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交響樂(lè)號(hào)也沒(méi)有發(fā)現(xiàn)葉才三的身影，如果挨過(guò)今晚，法律將不再追訴他們二十年前所犯下的罪行，葉才三和他的同伙也將恢復(fù)自由之身。十二點(diǎn)之后，甲板上傳出槍聲旗子也被人點(diǎn)燃，柯南發(fā)現(xiàn)了一張寫(xiě)有奇怪語(yǔ)句的紙鈔，這時(shí)，船尾發(fā)生爆炸，而在這熊熊大火之中，隱約可見(jiàn)一具尸體。

少年偵探團(tuán)在廢棄大樓為園游會(huì)練習(xí)的時(shí)候，逃逸的嫌犯在佐藤和高木兩位警官的追擊下闖了進(jìn)來(lái)，嫌犯從屋頂逃到隔壁的美術(shù)館，但佐藤警官還是在廁所將他逮捕，但由于操作失誤，她將自己和歹徒都用手銬銬住無(wú)法自由活動(dòng)，嫌犯東田聲稱(chēng)他是無(wú)辜的，逃跑完全是為了參加女兒的婚禮，最后佐藤警官?zèng)Q定讓高木和少年偵探團(tuán)在一定的時(shí)限中找到真兇。

少年偵探團(tuán)碰到了綠美容館的店長(zhǎng)綠和店員美香發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)，因從中聽(tīng)到美香要辭職的信息，步美表示很遺憾，但美香說(shuō)可以幫步美剪次頭發(fā)。次日，大家陪步美去美香公寓時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)她橫尸家中，之后警方介入調(diào)查并從死者的指甲縫中發(fā)現(xiàn)藍(lán)色塑膠碎屑，這時(shí)店長(zhǎng)綠也趕來(lái)確認(rèn)尸體，柯南從她的表情和怪異的舉止斷定她就是兇手，可是兇器到底是什么？在灰原的提醒下，柯南把目標(biāo)轉(zhuǎn)向垃圾，一番搜查后卻一無(wú)所獲，柯南這次真的判斷錯(cuò)誤嗎?