元太帶朋友們來到一家寵物店，沒想到居然發現了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現了本不該在這個季節出現的甲蟲，為了進一步進行調查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅車趕往群馬，在這里他們認識了博物館職員荒木、甲蟲研究家榛名和雜志社編輯石田，當得知白井被殺的消息后，每個人都連忙推卸，但根據目前掌握的線索，兇手一定就在他們三人之中。

柯南他們與正在公園找尋東西的高木刑事相遇。原來他在這里調解吵架后，不小心把遺失了警察手冊。高木刑事調解的當事人之一是無名的歌手半崎，好象就住在公園附近。柯南他們分頭找尋半崎，卻不見他人影。正要放棄時半崎在公園里出現。柯南眾人發現半崎的疑點，在偵查推理之后眾人救下了顯遭殺害的杉山。高木也找回了自己的警察手冊。

為調查鬼屋真相搜集更多的線索，柯南和小五郎一起對這棟公寓的其他三位住戶進行詢問，四谷和番町的房間里都擺滿了各種恐怖碟片以及會發光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生則是名絕對的無神論者，調查期間，總有飛蛾圍繞在他們身邊，這讓柯南靈光一現，沒錯，這些恐怖現象確實是人為的，并且這還與四年前那具死在公園里的女性焦尸相關，而兇手就是他！

某日，童星絹川和輝來到毛利偵探事務，委托小五郎根據他媽媽寄來的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進行詢問，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時，卻發現他被人勒死在浴室中，趕到案發現場的警察從下鴨當時拍攝的照片中發現，兇手是一個胸口有痣的女人，絹川得知后很難過，因為他母親的胸口就有一顆痣。

少年偵探隊這次在阿笠博士的帶領下欣賞精神隊的游行隊伍，沒想到巧遇便衣執行任務的佐藤警官，因為警政廳收到一封反精神隊球迷的警告傳真，預言這場游行將有意外發生，所以警局才會派警員混進游行隊伍進行調查，首先出事的是高木警官的車，之后，大家一起查看光彥在炸彈附近拍攝的影像，就在這時，又發生了一起爆炸事件。