最有可能犯案的就是第一個沖進房間的染井社長，于是，高木打電話給公司，其中有同事表示曾在案發時間見過染井出入藥店，而這件事也從藥店員工那里得到了證實，這無疑是染井擺脫嫌疑的最好證明，可他為何只字不提？之后，柯南又注意到了桌子上的蛋糕，在他的提醒下，高木還原了被偽裝的案發現場，事已至此，染井主動承認自己的罪行，但柯南卻指出兇手另有其人。

小林老師在圖書館里發現了一個牛皮錢包，那里放了小學一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想卻在學校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發出挑戰并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！

在去往餐館的路上，柯南和小五郎目睹了一起車禍，所幸受害者立松新三郎和小此木清隆都沒有生命危險，本以為這是場單純的車禍，但有目擊者表示那輛肇事車并非偶然經過，如此看來這是一起殺人未遂案件。隨后警察找來了小此木的外甥和她未婚妻一倉分別進行了偵訊卻并未發現異常，這時，“日本第一倒霉的男人”立松說歹徒的目的是置他于死地，事情的真相果真如立松所說嗎？

根據死者身上殘留的余溫，新一和服部推斷出兇手就在這附近，他們借用偶然碰見的高木警官的權力封鎖了收費站，并且很快將犯人鎖定在三個人身上，之后，他們又在死者的車窗上發現了兩個小孔，這無疑是揪出兇手的關鍵性線索，然而，灰原給新一的藥即將失效，新一該如何應對？小蘭一直吞吞吐吐想要告訴他的話又是什么？

最近，都市里出現了一名專門襲擊長發女子的榔頭男，警方根據目擊者的通報找到了榔頭男的住所并在周圍展開了監視，期間，有三個人陸續進出過榔頭男的房間，他們分別是宅配快遞員、機車送貨員和披薩外送員，考慮到這可能是兇嫌所使用的調虎離山計，警方匆忙沖進了他的房間，不想卻發現一名疑似榔頭男的人倒在屋內。