小五郎開(kāi)車(chē)的時(shí)候幫助了車(chē)子出故障的堀田耕作，為表謝意，耕作留小五郎三人參加他的慶生聚會(huì)，期間耕作因兒女們的爭(zhēng)吵以及女兒文子的到來(lái)大發(fā)雷霆而離席，之后，他的房間發(fā)生大爆炸，柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了兒子良二送給耕作的威士忌盒子，本以為良二是兇手，沒(méi)想到他莫名失蹤，大家又將矛頭指向文子，可文子卻說(shuō)自己雖恨父親，可兇手不是她，這時(shí)，柯南看到了室外的化肥……

柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩游戲的發(fā)布會(huì)時(shí)，碰到了游戲制作公司滿(mǎn)天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李后，趕往會(huì)場(chǎng)，期間，柯南偶然聽(tīng)到一高大黑衣男子的通話，并從中得知此人和黑衣組織有關(guān)，可還沒(méi)能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南發(fā)現(xiàn)這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的關(guān)于黑衣組織的線索？

這時(shí)，二樓傳來(lái)老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發(fā)現(xiàn)下田被人勒死，柯南立即開(kāi)始找兇器，但并未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來(lái)的搜尋中，柯南在下田脖子上發(fā)現(xiàn)了頭發(fā)，兇手就是那個(gè)人！可是該通過(guò)誰(shuí)之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時(shí)，他想到以工藤的的身份讓小蘭用便攜電話說(shuō)出真相，而小蘭卻在得知真相后痛哭不已。

少年偵探團(tuán)到商場(chǎng)看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場(chǎng)里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰(shuí)知外表看似寂靜的百貨公司實(shí)際上卻一點(diǎn)也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強(qiáng)盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強(qiáng)盜集團(tuán)的少年偵探團(tuán)正陷入極度的危險(xiǎn)之中！最終少年偵探團(tuán)的孩子們成功的化解了百貨公司的危機(jī)。

米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來(lái)自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開(kāi)通知信的暗號(hào)后來(lái)到杯戶(hù)市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來(lái)，將警方內(nèi)部搞的一團(tuán)糟后，順利逃跑，并留下通知信說(shuō)他定會(huì)盜走「黑暗星辰」。宴會(huì)當(dāng)天，園子的母親給上船的每個(gè)人都發(fā)了一顆黑珍珠，混淆視聽(tīng)，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會(huì)長(zhǎng)登上船只。