元太帶朋友們來(lái)到一家寵物店，沒(méi)想到居然發(fā)現(xiàn)了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現(xiàn)了本不該在這個(gè)季節(jié)出現(xiàn)的甲蟲(chóng)，為了進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲(chóng)博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅(qū)車(chē)趕往群馬，在這里他們認(rèn)識(shí)了博物館職員荒木、甲蟲(chóng)研究家榛名和雜志社編輯石田，當(dāng)?shù)弥拙粴⒌南⒑螅總€(gè)人都連忙推卸，但根據(jù)目前掌握的線索，兇手一定就在他們?nèi)酥小?/p>

但是覆面角斗士狼人的對(duì)手永瀨豹太在休息室被發(fā)現(xiàn)。從犯罪時(shí)拍攝下來(lái)的錄像帶里目暮警部判定以狼人、牛込嚴(yán)、佐熊浩之、野狼4名角斗士為嫌疑犯進(jìn)行詢(xún)問(wèn)。另一方面，柯南看到錄像帶里拍到的犯人的后腦，注意到不自然的地方并由此推斷出了兇手的真實(shí)身份。而正因?yàn)閷?duì)于面具的不適應(yīng)暴露了兇手的真實(shí)身份。錄影帶里的證據(jù)面前兇手最終承認(rèn)自己的罪行。

在木山家具社長(zhǎng)馬鳥(niǎo)宅留宿的柯南他們，在他自傲的石庭中部發(fā)現(xiàn)橫躺著的被絞殺的馬島社長(zhǎng)。犯人恐怕在出席晚餐的4人中。但是，如何不留足跡將尸體運(yùn)到庭院中部？此時(shí)小五郎說(shuō)他已經(jīng)明白了，但實(shí)驗(yàn)失敗，理論不成立。在調(diào)查了攝影展招待卷后柯南推理出犯人的正式身份和犯罪手法來(lái)。在不容質(zhì)疑的證據(jù)面前兇手最終坦白了罪行。

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來(lái)到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書(shū)桌，接著又來(lái)到了詭異的圖書(shū)館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過(guò)一圈查看，柯南已大致明白，就在這時(shí)，操場(chǎng)中間突然出現(xiàn)了保坂的書(shū)桌……

柯南和小蘭準(zhǔn)備食材的時(shí)候遇到了舊識(shí)西村佐知子，她也正在為自己男朋友的到來(lái)而滿心期待的做準(zhǔn)備，只是沒(méi)想到第二天，佐知子居然被人用銅質(zhì)裝飾品擊中后腦勺而喪命，警方認(rèn)為她男朋友殺人的可能性最大，但小蘭卻無(wú)論如何都不愿相信這是事實(shí)，于是，她在柯南的暗中提醒下展開(kāi)了調(diào)查，在詢(xún)問(wèn)了佐知子同事之后，小蘭得知了一個(gè)驚人的秘密！