小五郎受邀來到Nijimura品牌店，卻正好目擊社長仁地村被人綁架的畫面。社長的妻子兼副社長沙希，按照綁架犯的要求帶著一億贖金搭電車解救人質，就在電車開往中戶呂鐵橋的時候，沙希按照指示將包包從窗戶丟到河里，而此刻正趕上泄洪，包包隨著增加的河水被沖走，待警方在五公里外的河岸發(fā)現(xiàn)時，贖金已經被犯人拿走，而社長仁地村也被殺害。雖然事情已經結束，但柯南和小五郎卻重返現(xiàn)場進行調查，并發(fā)現(xiàn)……

園子的次郎吉叔祖父要舉辦龍馬展，而怪盜基德則發(fā)出了預告狀。但奇怪的是這次基德發(fā)出的是歸還物品的預告狀！而從叔祖父那里園子他們了解到這次次郎吉只是借出了博物館場地，而展覽的主辦發(fā)則是樽見。為了對抗基德，幾次郎在展覽場地安排了特別“基德歸還處”就在眾人在處處提防怪盜基德的時候柯南發(fā)覺了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？

大家二次來到倉庫后發(fā)現(xiàn)了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對面的大算盤，這很可能是啟動機關的鑰匙，仔細觀察倉庫之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據灰塵的多少撥動算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結束后，柯南揪出了那個一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個人正是……

比賽中的米奈芭的狀態(tài)不佳，柯南發(fā)現(xiàn)她丟在地上的護腕從而發(fā)現(xiàn)犯人利用護腕告訴米奈芭自己已經鎖定她的事情。柯南用阿波羅的票進入會場尋找犯人，但面對易容高手的罪犯，柯南縝密的分析了米奈芭的擊球之后發(fā)現(xiàn)了犯人的真正目標不是米奈芭而是她的母親！而阿波羅則告訴了柯南米奈芭如何每次在球場上準確找到母親的方法。

資產家片寄王三郎在家中中毒身亡，而片寄留下了一封暗號信來提示自己的財產所在地。中北無意的話點醒了柯南，而就在這時犧牲者再一次出現(xiàn)！這次是野笛小姐被箭射中中毒身亡，而在附近的樹屋找到了弓，而愛好弓的荻人成了頭號嫌疑人但就在這時卻傳來荻人墜崖的消息。最終在柯南的推理下找出了犯人，而一場遺產爭奪戰(zhàn)也浮出水面。