元旦當(dāng)天，少年偵探團(tuán)一起到國立競技場(chǎng)看足球決賽，卻看到l了足球被槍射中，這時(shí)，正在為天皇杯決賽進(jìn)行轉(zhuǎn)播的日賣電視臺(tái)，接到了歹徒索要五千萬元的恐嚇電話，如果讓他發(fā)現(xiàn)比賽中止讓觀眾撤離的狀況，他將立刻對(duì)場(chǎng)內(nèi)的觀眾進(jìn)行掃射，電視臺(tái)依照歹徒的指示將錢袋準(zhǔn)備好之后就在周圍埋伏了帶待命的警官，然而警察只抓到了歹徒同伙，歹徒通過電話說因?yàn)槿召u電視臺(tái)的報(bào)警所以要?dú)㈦u儆猴，情況愈發(fā)危機(jī)。

學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長問及此事時(shí)，大家也都避而不語，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

警方看到落地窗的鎖上有血跡，并在玻璃碎片上了發(fā)現(xiàn)了一個(gè)小洞，柯南和平次作出大膽推測(cè)，期間，柯南因看到遠(yuǎn)處樹上掛著的不明物體差點(diǎn)墜落陽臺(tái)，而當(dāng)時(shí)在旁邊的菊人卻因?yàn)閼指甙Y，沒有伸出援手，所幸有驚無險(xiǎn)。在樹上找到兇器之后，兩人將所有的線索串聯(lián)起來，沒錯(cuò)，兇手就是那個(gè)人！他們將所有人都叫到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，說櫻庭就是兇手，可事實(shí)真是如此嗎？

柯南的班級(jí)轉(zhuǎn)來了一個(gè)叫灰原哀的女生，而同一天少年偵探隊(duì)也收到了同校俊野幫忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)了一張夏目漱石的肖像畫，俊野說曾有一個(gè)黑衣女人很賞識(shí)這幅畫，聽到這些，柯南馬上聯(lián)想到了黑衣組織，便急忙帶領(lǐng)偵探隊(duì)走街串巷的尋找線索，期間，在便利店遇到的一個(gè)使用假錢的男子引起他的注意，于是，一路尾隨，推理出了這名男子的去向。

次日，山岳莊內(nèi)發(fā)出小蘭的慘叫，柯南等人趕到后發(fā)現(xiàn)恭子被人刺殺，就在大家推測(cè)出誰是兇手時(shí)，河邊晃、潮文造和管理員都不見了蹤影，小五郎認(rèn)為潮文造有危險(xiǎn)便急忙跑入山中，不想?yún)s碰上地震，他們救了河邊晃后返回山岳莊，河邊晃承認(rèn)了自己的罪行，但卻否認(rèn)自己是銀狐，那么銀狐到底是誰？潮文造又是出于什么樣的目的委托小五郎？