目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設計和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動圓滿完成。正當眾人以為此事已畫上句點時，柯南卻發現案件仍有疑點……

柳龍和蕭塵宇找到唐三和小舞，柳龍對唐三出言不遜，唐三使出控鶴擒龍的絕招襲擊柳龍，他疼地大呼小叫，蕭塵宇假惺惺向小舞賠罪，要把小舞帶回去當寵物兔養，小舞剛想發作，唐三急忙攔住她。蕭塵宇逼唐三把小舞交出來，然后加入他的武社，唐三斷然拒絕，蕭塵宇下令活捉那只幼小的斑斕貓，沒等柳龍出手，唐三炮突然出現，后面緊跟一條曼陀羅蛇，把蕭塵宇和身邊的侍衛打得七零八落，小舞趁機攙著唐三逃走。玉小剛突然出現，讓唐三和小舞跟緊他，以免再遇到麻煩，小舞一心想回去救那只受傷的斑斕貓，玉小剛勸她趁早死心，他發現斑斕貓被曼陀羅蛇咬傷，就順著痕跡找到蛇的巢穴，讓唐三炮把蛇激怒，引到了蕭塵宇他們身邊，才讓唐三和小舞得以脫身。玉小剛覺得這條曼陀羅蛇很適合唐三，讓他把蛇殺死吸取魂環，小舞提出質疑，唐三對玉小剛深信不疑。玉小剛想等蕭塵宇和蛇兩敗俱傷的時候出手，蕭塵宇和柳龍漸漸不敵，他們嚇得落荒而逃，曼陀羅蛇突然襲擊了玉小剛，玉小剛讓唐三出手殺蛇，唐三上下翻飛，使出暗器鐵釘襲擊蛇，結果被打翻在地，唐三使用紫金魔瞳刺瞎蛇的眼睛，然后再用鐵釘刺穿了蛇的喉嚨，曼陀羅蛇應聲倒地死亡，頭頂上現出黃色的魂環，唐三知道這條蛇至少有400年的法

根據死者背包中的贓物，秀一判斷該死者可能是一名搶劫犯，同時他發現還有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的幫助下帶來了三名有作案嫌疑的游客，經過秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也順利抓獲了犯罪嫌疑人。至此，柯南終于回憶起十年前與世良初次相遇的情景，同時他也意識到，世良可能已經知曉自己的真實身份。

在幫純子小姐調查入室偷竊的時候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調查附近鄰居時柯南看出了端倪。所調查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒有找到關鍵的證據，小五郎在電梯里整理儀容時柯南突然明白了什么。

柯南等人來到方斗寺調查會預知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內留宿。正當眾人享用晚飯時，突然從房內傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當兇手跪地坦白自己的罪行時，柯南突然發現案件并沒有結束……