八號(hào)車(chē)廂里的殺人事件已經(jīng)偵破，而有希子與苦艾酒的對(duì)峙還沒(méi)有結(jié)束，在八號(hào)車(chē)廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計(jì)劃的一樣，隨著列車(chē)的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團(tuán)一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來(lái)協(xié)助柯南的究竟是何方神圣？

正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車(chē)到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來(lái)，在他們四處尋找線索的時(shí)候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對(duì)不能以這種摸樣被人殺害。

圍繞著由推理游戲急轉(zhuǎn)成的殺人事件，柯南在詢問(wèn)過(guò)車(chē)內(nèi)有嫌疑的人后漸漸有了線索，事件背后的兇手終于露出了馬腳，正在他上演推理秀時(shí)卻有其他的事情發(fā)生。單獨(dú)出去的小哀至今未歸，而世良真純也被神秘人物電暈帶走，但這個(gè)車(chē)上還藏著不一般的人物，最后誰(shuí)是贏家現(xiàn)在還沒(méi)有定論。

巧克力甜點(diǎn)師辻元先生在世界大賽上獲獎(jiǎng)的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設(shè)計(jì)師真悠子小姐的浪漫愛(ài)情也讓很多人憧憬。鈴木財(cái)團(tuán)的協(xié)助讓辻元的店鋪將在明天開(kāi)業(yè)，而園子和小蘭則是這個(gè)店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎(jiǎng)的作品時(shí)發(fā)生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經(jīng)看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。

帶走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名強(qiáng)盜殺害的銀行員賢也的女友，為了替賢也復(fù)仇的她一再犯下罪行。同一時(shí)間小五郎等人借助安室的推理逐漸逼近事件的真相，并馬上前往最后一位搶劫犯的住處，另外阿笠博士和世良等人也趕了過(guò)來(lái)，而柯南已經(jīng)跟著情奈前往可能是最后一位搶匪的三位女性那里。