就在柯南和服部調(diào)查時，小蘭與和葉又親眼目睹了一起命案的發(fā)生，死者是旅行團(tuán)中的片桐，服部剛想要仔細(xì)調(diào)查，就被自己的老爸教訓(xùn)一番，可這反而激起了服部想要調(diào)查真相的欲望，柯南和服部根據(jù)手頭的線索和嫌疑人的供詞，推斷出了兇手，于是兩人暗中尾隨糟屋到一個破舊的工廠，然而螳螂捕蟬黃雀在后，柯南被不明人士挾持，這些人到底是誰？服部能順利找到兇手嗎？

小五郎詢問阿稔有關(guān)郵票的事情卻得到郵票已經(jīng)不見了的回答，柯南也明白了小蘭看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴毆打的真相。而柯南也指出春菜收到的音樂盒其實是秋悟托付給他人送出的。鬧鬼的屋子的真實原因其實是有人背后操作。而秋悟先生的音樂盒其實也只是一般的旅游紀(jì)念品而已，真正貴重的是隱藏在音樂盒里暗語所指示出的郵票。

阿笠博士的朋友加納照也由于近日就要搬家的緣故，所以計劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這里遇到了加納在愛犬協(xié)會的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什么東西回家作紀(jì)念的時候，加納家飼養(yǎng)的一只小狗道爾不見了，后來大家在焚化爐里找到道爾脖子上的項圈，但幸運的是焚化爐里并未發(fā)現(xiàn)狗的骨骸，那么，道爾到底被歹徒藏在哪里了？他又打算怎么帶走道爾呢？

柯南等人循著灰原留下的記號一路尋找，因為兇手就在同行的三名獵人之中，灰原和光彥就在大樹下面留下一些散落的蘑菇作為暗號，躲在叢林里期望柯南能有所行動制服兇手。柯南果然不負(fù)眾望，破解了灰原留下的暗號，正準(zhǔn)備麻醉兇手時，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

柯南和少年偵探團(tuán)幾天來一直覺得元太的舉止怪怪的，便追問元太，元太說他因為目擊了連續(xù)搶劫案的罪犯而正被追殺，這時從商場頂樓有鐵材向元太落下來讓原本以為只是元太想多了的柯南眾人也認(rèn)真起來了。元太聲稱見到連續(xù)強(qiáng)盜犯卻忘記在哪里看到的。在不斷的回憶前幾天的事情之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到元太看到盜賊犯。