柯南認(rèn)為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調(diào)查，與此同時(shí)，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺到了蛛絲馬跡，當(dāng)他趕到與浦生良造初次見面的餐館時(shí)碰巧遇見了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關(guān)鍵性的證據(jù)被暗中襲來的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰，面對(duì)真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？

最有可能犯案的就是第一個(gè)沖進(jìn)房間的染井社長，于是，高木打電話給公司，其中有同事表示曾在案發(fā)時(shí)間見過染井出入藥店，而這件事也從藥店員工那里得到了證實(shí)，這無疑是染井?dāng)[脫嫌疑的最好證明，可他為何只字不提？之后，柯南又注意到了桌子上的蛋糕，在他的提醒下，高木還原了被偽裝的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，事已至此，染井主動(dòng)承認(rèn)自己的罪行，但柯南卻指出兇手另有其人。

少年偵探團(tuán)、灰原與柯南等人發(fā)現(xiàn)小說家萬田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮調(diào)查了死亡推定時(shí)間內(nèi)的不在場(chǎng)證明。萬田說他從昨晚起一直把自己關(guān)在旅館的房間內(nèi)、案發(fā)時(shí)也沒出過房間。高木發(fā)現(xiàn)旅館和原本家確實(shí)很近。可是，島木說自己確實(shí)在旅館的候梯廳等萬田，而萬田的貓最終暴露了他犯罪的事實(shí)。而最終萬田也承認(rèn)了自己的罪行。

小五郎一行人駕車來到杯戶中央橋卻并沒有任何發(fā)現(xiàn)，這時(shí)，園子突然打來電話，小蘭從園子那里得知了板垣樂隊(duì)的標(biāo)志正是釘子，于是一行人又來到了附近的紋身店，并從顧客所留的照片中將嫌疑鎖定在三個(gè)身上，如今有關(guān)鋸子和釘子的線索都得到了解釋，那目擊者所看到的錘子又是什么呢？注意到對(duì)面的大樓后，柯南知道所謂的錘子，在他的提示下小五郎找到了兇手。回家路上，柯南洞察到了本堂瑛佑的意圖，他到底是什么人？

一名老護(hù)士告訴柯南，她以前見過英祐并且在他小的時(shí)候還因白血病做過手術(shù)。另一方面，得知杯戶中央醫(yī)院被黑暗組織入侵后，柯南和FBI立刻對(duì)醫(yī)院的病人進(jìn)行了排查，其中最具嫌疑的有三個(gè)人，為找出那個(gè)在醫(yī)院調(diào)查水無憐奈的人，柯南想出了一條妙計(jì)，他直接與這三個(gè)嫌疑者接觸，最終將目標(biāo)鎖定，在接下來的行動(dòng)中，柯南和FBI又能得到什么樣的線索？