在警方介入調查奈奈美母親的墜亡事件時，少年偵探團的孩子們卻不見了蹤影，而現代當家的助手長瀨先生也不見了?？履系热嗽谏衩氐陌岛谥杏龅搅烁魇礁鳂拥臋C關，在塔內他們還遭到了神秘人物的追趕，當柯南反應過來時身邊的伙伴們都消失不見，獨自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

通過新架設的偵探事務所網頁得到了一份乍看之下很簡單的委托，當小五郎帶著柯南、小蘭和安室前往更改的見面場所后依然沒有見到委托人，再次回到事務所的他們又收到了委托人的訊息，佯裝離開事務所的他們發覺了其中的蹊蹺，再次回到事務所的他們準備揭穿嫌犯的手法，但在這時他們卻聽到了廁所里傳來的槍聲。

急著跑進偵探事務所的千葉警官拜托小五郎找人，與他在咖啡館相識的美緒小姐最近遭到了恐嚇，從廁所回來的千葉警官得知美緒小姐似乎遇到了什么事而逃回家中，四處尋找拿錯雨傘的美緒小姐時千葉警官又遭到了不明車子的襲擊。正在和小五郎他們四處尋找美緒的千葉接到了通報，而卷入殺人事件中的年輕小姐便是美緒。

八號車廂里的殺人事件已經偵破，而有希子與苦艾酒的對峙還沒有結束，在八號車廂制造火災假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計劃的一樣，隨著列車的爆炸苦艾酒的任務也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來協助柯南的究竟是何方神圣？

毛利小五郎像的秘密