少年偵探隊按照暗號分別找到了剩下的兩個時光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個發(fā)現(xiàn)的時光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結可以追溯的十五年前……

一個男子走路的時候差點被意外墜落的鋼筋砸到，雖然撿回了一命但也因此而昏迷，所幸他被少年偵探團發(fā)現(xiàn)，為確認身份，大家打開了他隨身攜帶的包，卻發(fā)現(xiàn)里面有繩子、手套和遺書，難道他準備自殺？這時，這個叫真中的男子醒了過來，可他卻失去了記憶，光彥認為他一定是遇到困難所以才想不開，便決定幫助他，但隨著調查的深入，柯南卻發(fā)現(xiàn)了一個陰謀……

茱蒂用槍破壞了附近的灑水器，隨意噴灑的水讓所有人都以為下起了雨，大家紛紛拿傘遮雨，這無疑讓躲在樓頂的狙擊手無法射擊，此次計劃也只好暫時取消。之后，柯南讓阿笠博士和灰原先離開并讓他們保護好小蘭和小五郎，他和茱蒂坐上了詹姆斯的車繼續(xù)進行追蹤，并得知今恩他們將在VaneB進行暗殺，柯南推斷Vane B就是鳥矢大橋。

當小五郎準備再度去詢問南里薰，卻在門外聽到她的慘叫，還不等小五郎沖進去，就從屋子里匆忙跑出了一個男子，幸運的是南里薰并沒有被殺害，醒來之后，南里薰說起了自己突然消失的男朋友安西，從小五郎的照片上可以看出，這個人也曾出現(xiàn)在米花飯店，這些原本不相識的人，因為這件古怪的命案被聯(lián)系了起來，柯南將安西、南里薰和美奈子一起找來，這兩起經過完美設計的命案，即將真相大白！

警方調查期間本山總是鬼鬼祟祟的像是在謀劃著什么，他提議大家一起去吃飯，然后又謊稱自己有東西落在了車上，返回座位偷偷拿走了小蘭裝在包里的網球，然而暗自慶幸計劃成功的本山還不知道，這時的警方和小五郎早在柯南的提醒下，知道了他就是兇手以及他的作案手法，于是，大家暗中尾隨他來到機場，在他企圖逃逸之前將他的罪行揭穿！