小五郎受到一出推理劇的邀請(qǐng)負(fù)責(zé)前言部分的講解，巧合的是他在這里與他的國(guó)中同學(xué)，當(dāng)前的大明星雨城瑠璃再度重逢。片場(chǎng)的偵探演員風(fēng)見良輝，總是惡語傷人，把每一個(gè)人都搞的很不愉快，于是，導(dǎo)演建議大家先休息三十分鐘，此時(shí)正好下起了大雪，瑠璃邀請(qǐng)大家外出賞雪，可是沒過一會(huì)兒，別墅內(nèi)傳出了瑠璃驚恐的尖叫，柯南等人急忙趕去，看到的卻是倒在血泊里的風(fēng)見，警方趕來后對(duì)波原霞、南云曉、南云伸晴和雨城瑠璃這四名最有嫌疑的人進(jìn)行了搜查，然而卻并未發(fā)現(xiàn)兇器。

無法渡海，大家只能暫時(shí)待在鎮(zhèn)長(zhǎng)家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對(duì)這棟房子進(jìn)行一番調(diào)查，于是 ，大家就分組行動(dòng)，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長(zhǎng)和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長(zhǎng)女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時(shí)，救援船趕來，可船上卻只有一具船長(zhǎng)的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。

電視臺(tái)為了舉辦一場(chǎng)東西推理大對(duì)決，便邀請(qǐng)小五郎和服部一起來沖繩島。之后大家與電視臺(tái)的工作人員事先搭船到發(fā)現(xiàn)不明男尸與詭異文字的無人島，考察完畢準(zhǔn)備返回時(shí)，卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進(jìn)行推理時(shí)，送他們來的船只和船長(zhǎng)也消失了蹤影。

參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫面上是“想要遇見那個(gè)孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險(xiǎn)談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場(chǎng)謀殺！

少年偵探隊(duì)為幫白鳥警官報(bào)仇，堅(jiān)持留下來和警察一起進(jìn)行破案，根據(jù)歹徒留下來的警告信，警方認(rèn)為炸彈就安在紅色的電車上，可是費(fèi)盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細(xì)琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運(yùn)了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動(dòng)！