為了紀念戰國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團和阿笠博士來到岐阜市內游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當地的英雄秀表演。表演結束后，光彥因想得到簽名而獨自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

這天，鐵頭、姜小牙和米小圈一起上學，當時三個人優哉游哉嘴里還啃著母親早上做的早餐，當時米小圈還抱著一個大熱狗，正吃得津津有味，忽然一輛大卡車直接沖著他們三個人過來，當時鐵頭和姜小牙嚇得哇哇大叫，米小圈離卡車最近，幾秒鐘的功夫，兩只眼睛一抹黑，直接栽倒在地上。等米小圈緩緩睜開眼睛，發現自己與死亡擦肩而過，卡車翻倒在他旁邊，恰好留下一個空隙，這個空隙中就有米小圈，真是萬幸中的萬幸啊，米小圈從驚懼中爬起身，不遠處，鐵頭抱著姜小牙也跌倒在地，姜小牙在地上坐起，發現自己在鐵頭的懷抱中毫發無損，頓時感激涕零，視鐵頭如再生父母，米小圈當場就語塞，平日里與鐵頭形影不離，關鍵時刻鐵頭卻選擇了保護姜小牙。當天，學校便因為鐵頭英勇救人的事情引起軒然大波，作為學校有名的通訊小記者何詩雨特意來到米小圈班級采訪調查，李黎艷羨地看著何詩雨，這個全校文明的小記者，不僅有傲嬌的外貌，并且頭腦及其靈活，每次寫出的采訪稿都能夠轟動全校，果真何詩雨采訪了米小圈班級同學，只撿對鐵頭有利的說，用生動形象的語言把鐵頭塑造成一個妥妥的小英雄。米小圈開始和鐵頭疏遠，鐵頭成了名人，卻一臉不開心，好像總是一副畏首畏尾的模樣，放學了，鐵頭拉

周六早晨頓比町公園內發現了命案，勒索恐嚇慣犯勝井優死亡，逐一排查嫌疑人后廣瀨純子小姐主動承認了自己的罪行，但毛利小五郎卻因為此事來到了警署。在案發當天八點的時候毛利小五郎在米花町看到了廣瀨小姐，這一點讓廣瀨小姐有了不在場證明，但聽到毛利的陳述后廣瀨小姐卻非常驚訝，柯南得知后認為此事并沒有那么簡單。

少年偵探團的理科自由研究作業是拍攝鎮子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點。爭吵過后岳美負氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發現山下的岳美小姐倒在了血泊中。

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現行，不料卻發現谷崎死在了反鎖的房間里。正當案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機器人引起了柯南的注意。