米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來(lái)自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開(kāi)通知信的暗號(hào)后來(lái)到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來(lái)，將警方內(nèi)部搞的一團(tuán)糟后，順利逃跑，并留下通知信說(shuō)他定會(huì)盜走「黑暗星辰」。宴會(huì)當(dāng)天，園子的母親給上船的每個(gè)人都發(fā)了一顆黑珍珠，混淆視聽(tīng)，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會(huì)長(zhǎng)登上船只。

清潔公司的董事藤井被樓上掉下的重物砸死，警察在尸體旁邊發(fā)現(xiàn)了一個(gè)沒(méi)有指紋的口風(fēng)琴，柯南認(rèn)為這并不是簡(jiǎn)單的意外事件而是謀殺，警察去清潔公司社長(zhǎng)中山的辦公室進(jìn)行調(diào)查時(shí)，這里的監(jiān)視器引起了柯南的興趣，在對(duì)監(jiān)視器進(jìn)行了簡(jiǎn)單的操作后和攝影內(nèi)容簡(jiǎn)單回查后，兇手浮出水面。

柯南為保護(hù)小蘭扭傷了腳，為安全考慮，大家決定集中到餐廳等待天亮。突然屋內(nèi)停電，黑暗中，繃帶怪人再次出現(xiàn)攻擊小蘭，但被小蘭躲開(kāi)。柯南根據(jù)目前找到的線索，確定兇手就是電影社部員中的其中一人，在想通了兇手為何多次襲擊小蘭的原因后，他將園子麻醉，借助園子之口，道出真相和兇手。

柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車(chē)去北海道看丹頂鶴，偶然認(rèn)識(shí)了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請(qǐng)柯南他們?nèi)プ约杭胰胱。蟛牡艿馨⒈崆檎写麄儯驮谶@個(gè)時(shí)候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財(cái)產(chǎn)的事兒而來(lái)。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時(shí)候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對(duì)現(xiàn)場(chǎng)的勘查認(rèn)為兇手另有其人。

某天小五郎偶遇了大木田社長(zhǎng)并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來(lái)到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實(shí)，而從現(xiàn)場(chǎng)外面的花和點(diǎn)心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長(zhǎng)和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實(shí)身份并抓獲了犯人。