為了找出克隆人士兵錘頭突然殺害絕地大師的動機，他被送到卡米諾的無菌實驗室接受醫療檢查。為了檢查能夠成功，士兵五號必須深入到錘頭的內心深處。

"水下世界蒙卡拉馬里正處于內戰邊緣。共和國議員艾米達拉和她的絕地保護者安納金·天行者站在蒙卡拉馬里人一邊，而分離主義代表里夫·塔姆森則開始煽動夸倫人。

和平世界Bardotta及其神秘之道受到古老預言的威脅，而它的最高精神領袖們都已經消失了。

因為偽裝成賞金獵人雷科·哈丁，歐比旺·克諾比和犯罪大佬莫拉洛·伊瓦爾、凱德·貝恩一同流亡，但他們的關系如履薄冰，同時安納金和阿索卡也在不停尋找他。

在一次絕地任務中發現了一柄光劍，它屬于很久之前死去的賽福-迪亞斯大師。這促使尤達、歐比旺和安納金開始調查這起發生于十年之前的消失事件。