就在警察要強(qiáng)行帶走小五郎時(shí)，柯南在機(jī)械室和浜田的尸體上發(fā)現(xiàn)的有力證據(jù)幫他洗清了嫌疑，而目前最有可能殺人的就是上原，當(dāng)大家要暗中逮捕上原時(shí)，木下出面說(shuō)自己去勸他自首，五分鐘后，屋內(nèi)響起槍聲，上原射傷木下逃跑。柯南重新回到竜神號(hào)調(diào)查并和鈴一起進(jìn)入海軍山洞，卻在這里發(fā)現(xiàn)上原的尸體……

為找到更多的線索，柯南和服部對(duì)長(zhǎng)門家的門衛(wèi)和廚師等人逐一進(jìn)行詢問(wèn)，并且在對(duì)個(gè)個(gè)房間的搜查中，找到了女仆口中的床單，而且根據(jù)秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時(shí)間，一切準(zhǔn)備就緒，服部叫來(lái)目暮警官，重現(xiàn)當(dāng)時(shí)犯案的場(chǎng)景，兇手就是那個(gè)人，但逼死兇手絕不是一個(gè)偵探想要的結(jié)果。

打棒球時(shí)，元太不小心傷到一名流浪畫(huà)家，送到醫(yī)院檢查才知道他失去了記憶，后來(lái)畫(huà)家悄悄離開(kāi)。幾日后，畫(huà)家的尸體被發(fā)現(xiàn)，為調(diào)查真相，少年偵探團(tuán)出動(dòng)，他們按照畫(huà)家的素描找到了一戶叫早瀨的家中，主人熱情招待這群孩子，柯南留意到這位夫人丈夫的遺像和死者很相像，進(jìn)一步調(diào)查后，他將銀杏、窗戶、燒焦的痕跡、帶眼鏡的被害者、墻壁上的畫(huà)串聯(lián)起來(lái)，沒(méi)錯(cuò)！兇手就是她。

柯南要陪步美拔牙時(shí)，被葉子醫(yī)生婉拒。而當(dāng)晚七點(diǎn)半不動(dòng)產(chǎn)老板中本被殺，發(fā)現(xiàn)尸體的人就是葉子和管理員，雖然葉子有殺人的動(dòng)機(jī)，但由于步美的證詞，葉子有不在場(chǎng)的證明，因?yàn)樗菚r(shí)正在陪步美看七點(diǎn)半開(kāi)始的假面超人。柯南一人在葉子家附近調(diào)查，看到葉子家和診所一樣的窗簾，柯南便知道了葉子的手法，并且那副假面超人的撲克也成了重要的證據(jù)。

柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩游戲的發(fā)布會(huì)時(shí)，碰到了游戲制作公司滿天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李后，趕往會(huì)場(chǎng)，期間，柯南偶然聽(tīng)到一高大黑衣男子的通話，并從中得知此人和黑衣組織有關(guān)，可還沒(méi)能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南發(fā)現(xiàn)這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的關(guān)于黑衣組織的線索？