小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對(duì)車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

小五郎帶柯南和小蘭為四井集團(tuán)董事長千金麗花慶生，宴會(huì)結(jié)束后，大家的車都遭到不明人士的破壞，麗花決定住在別墅，一班追求者也表示留下來陪她。當(dāng)晚，麗花莫名失蹤，大家在尋找麗花時(shí)，二階堂被溺死在噴泉旁邊，之后，小蘭也遭到同樣手法的襲擊，被柯南所救，兇手利用空調(diào)致使停電，因此可以確定犯人就是別墅里的人，這時(shí)，麗花浸在水里的尸體被發(fā)現(xiàn)。

這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說出了電影要在今年終結(jié)的事實(shí)。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場時(shí)看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無頭緒的現(xiàn)場在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

小五郎和他的大學(xué)同學(xué)在弁慶溫泉旅館舉辦柔道社同學(xué)會(huì)，參見的人都是小五郎的死黨，大家一時(shí)興起決定在煙火大會(huì)開始前打桌球消磨時(shí)間，只有由美一人回房休息，煙火大會(huì)開始前朋友們考慮到由美的脾氣，便沒去打攪她休息，結(jié)束后，大家一起去由美的房間，發(fā)現(xiàn)的卻是由美舉槍自盡的尸體，經(jīng)過檢查發(fā)現(xiàn)由美死于下午三點(diǎn)左右，也就是大家一起打桌球的時(shí)候。

小五郎錄制全日本偵探社的錄制節(jié)目時(shí)，制作人諏訪被射殺，主持人松尾的嫌疑最大，因?yàn)樗巧鋼舾呤郑⑶宜诓シ艂商蕉唐乃姆昼妰?nèi)離開過攝影棚，但柯南怎么也想不明白，他是如何在這么短的時(shí)間內(nèi)往返于九樓和四樓之間，在了解了大樓構(gòu)造后，柯南終于明白了兇手的伎倆，他麻醉了小五郎并借來攝像機(jī)，向全國實(shí)況轉(zhuǎn)播了小五郎的推理秀。