隨著調(diào)查的深入，柯南知道了搶劫珠寶的并不是死者后村，而另有其人，這個(gè)人不僅是搶匪還是殺人兇手，為了讓兇手老實(shí)認(rèn)罪，柯南重現(xiàn)了當(dāng)時(shí)搶匪跳樓的場(chǎng)景，并找到了足以證明他就是兇手的證據(jù)。案件結(jié)束之后，佐藤警官找了高木原本打算送給她的胸針，可沒想到佐藤警官竟然對(duì)珠寶沒有興趣，這時(shí)，高木警官才意識(shí)到這一切都是由美的“陰謀”。

由于服部贏得了推理比賽，所以和葉不得不妥協(xié)去和柯南、小蘭等人一起去甲子園球場(chǎng)觀看全日本高中棒球賽，這里不僅因聚集了來自全國(guó)的各地的棒球精英而名聲大噪，還有四百三十顆翠綠的常春藤也讓人賞心悅目。比賽剛開始就讓全場(chǎng)的觀眾熱血沸騰，然而就在這樣熱情的氛圍之下，似乎有著什么不可知的危機(jī)正慢慢靠近……

水中逃脫魔術(shù)失敗的冬城在水槽內(nèi)明顯是筋疲力盡而小五郎，柯南，目暮警長(zhǎng)等人則在錄像中確認(rèn)了當(dāng)時(shí)的情況。冬城的死因確定是溺死，但到底這是事故，還是誰事先策劃的謀殺卻不得而知，這時(shí)小五郎卻發(fā)表了自己的推理，但很快被推翻。而在調(diào)查了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南最終確定了犯人的身份，“沉睡的小五郎”也最終在眾人面前揭露了犯人的真面目。

笹本安太郎和神尾總是遭到大學(xué)時(shí)期同在推理研究會(huì)的日影的襲擊，因?yàn)閷?shí)在無法忍受這種恐懼，在笹本的提議下他們找到了小五郎，神尾說日影曾寄給他一份小說的原稿，而里面的內(nèi)容完全是如何殺人，而且他們的另一位同伴就死于小說中的手法，調(diào)查期間，神尾遭到炸彈襲擊， 笹本則差點(diǎn)被車撞傷，就在警察將注意力都放在搜索日影時(shí)，柯南卻認(rèn)為兇手另有其人。

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來過的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……