為了陪光彥把壓歲錢存進賬戶，柯南、步美和灰原等人一起來到帝都銀行，可元太因為吃太多胃痛了起來，就在博士和灰原外出買藥期間，一波帶著面具的搶匪突然闖進銀行，前來取錢的茱蒂老師以及一名貌似赤井秀一的人也成為了他們的人質(zhì)，雖然茱蒂用美人計在廁所獨立擊倒一名搶匪，卻不幸被同伙發(fā)現(xiàn)，事已至此，少年偵探團成為了將徒制服的唯一希望！

妖怪倉庫是把貴重的物品放進里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

小五郎帶柯南和小蘭去露天浴場泡溫泉的時候，聽到了咔嚓咔嚓的石頭滑落聲，當(dāng)他們尋聲趕到后，發(fā)現(xiàn)不動產(chǎn)社長梅津英章已經(jīng)沒了呼吸，這起看似意外的事件其實是樁蓄意殺人案，警察對在場的嫌疑人即死者的女兒麻麗、泰子、秘書八木橋以及浴場老板進行偵訊，期間，一條擰干的毛巾從麻麗的包包中掉了出來，小五郎認(rèn)為這是她為了不留指紋而使用手法，就在他準(zhǔn)備揭穿所謂的兇手時，知道真相的柯南將他麻醉揪出了真正的兇手！

雖然警方再次對這三名嫌疑人進行詢問，但因為每個人都坐在看不到我妻點餐內(nèi)容的位置，所以根本無法預(yù)知死者會拿哪一盤壽司，案件再遇瓶頸，這時柯南在我妻的回轉(zhuǎn)臺上看到了塑膠包裝的一角，加之博士向灰原借手帕這一細(xì)節(jié)，他突然明白了兇手的作案手法，那么兇手一定是他！于是，柯南以阿笠博士為掩護當(dāng)場指認(rèn)兇手……

雖然根據(jù)收據(jù)知道了這13件t恤是在每個周日的12：28所購買的物品，但專柜的銷售員卻不記得購買人的長相，與此同時，柯南從t恤上奇怪的折痕調(diào)查出了十多年前的登山家遇難事故，而這似乎與這起爆炸事件有特殊的關(guān)聯(lián)，就在人質(zhì)們開始躁動的時候，柯南將小五郎麻醉，并指出了放置炸彈的幕后黑手，而他就是……