學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問及此事時(shí)，大家也都避而不語，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

光彥說他看到友里百合子在廁所前拼命擦眼淚，這雖然讓大家大吃一驚，但是百合子說自己只是去廁所調(diào)整隱形眼鏡而已，這說法合情合理，可柯南總覺得還有疑點(diǎn)，之后灰原一句無意的話語讓柯南終于明白了事情的真相，于是，他急忙的跑去作案現(xiàn)場(chǎng)找到了證據(jù)，正巧阿笠博士也趕來接他們，柯南就借阿笠博士之口并重演兇手在放映室的殺人手法，將兇手繩之以法。

在醫(yī)院醒過來的小蘭看到麻美平安無事便和園子一起出去買東西，但等她們回來之后卻發(fā)現(xiàn)麻美不見了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢問現(xiàn)場(chǎng)狀況，并下山去沢井等人去的便利商店詢問當(dāng)時(shí)他們買東西的場(chǎng)景，在老板指出有一人行動(dòng)奇怪后，柯南便知道了放火就是那個(gè)人！

帝丹小學(xué)校慶這一天，少年偵探團(tuán)拿著阿笠博士送給大家的電影折價(jià)券一起去看電影，大家爭(zhēng)執(zhí)之后決定去看哥美拉的三部片子，沒想到今天是這家電影院最后一天營(yíng)業(yè)，柯南等人成了最后一批觀眾，就在欣賞電影之際，熒幕上卻出現(xiàn)了一個(gè)黑影，原來這個(gè)黑影就是迫使電影院關(guān)門的張?zhí)锏倪z體，在警方要以自殺確定這件案子的時(shí)候，光彥卻說一句讓大家驚訝的話！

平次與和葉為代替母親參加朋友的婚禮而來到東京，就在大家一起游覽東京的時(shí)候，與即將舉行婚禮的森園家的管家重松相遇，在他的要請(qǐng)下，柯南一行人來到森園家，不幸的是，重松當(dāng)晚不知被何人在密室所殺，事情還沒有一個(gè)結(jié)果，大批媒體卻蜂擁而至，警方也趕來介入調(diào)查，這時(shí)，和葉發(fā)現(xiàn)片桐風(fēng)和櫻庭帶著同樣的墜子。