與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開(kāi)了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買(mǎi)了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒(méi)想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

在趕來(lái)支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨(dú)自駕駛摩托的水無(wú)包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個(gè)撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無(wú)出車(chē)禍?zhǔn)軅Ａ硪贿叄穸髟谒疅o(wú)換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽(tīng)器，便臨時(shí)決定變更目標(biāo)向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X(jué)到他們的行動(dòng)，意識(shí)到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時(shí)黑衣組織已經(jīng)瞄準(zhǔn)了小五郎……

柯南和小蘭在公園遇到了帶狗玩耍的八木沢夫婦和堤夫婦，兩只小狗武藏和克爾更是贏得他們的喜愛(ài)，然而，沒(méi)過(guò)幾日，就發(fā)生了一起惡狗傷人事件，攻擊者正是武藏，它咬傷了隔壁中谷太太的婆婆，導(dǎo)致其失血過(guò)多而死，雖然小五郎和柯南等人認(rèn)為是中谷太太命令武藏進(jìn)行襲擊，可卻沒(méi)有確鑿的證據(jù)，直到克爾在案發(fā)的院子里找到……

小五郎一直暗地里跟蹤的人見(jiàn)松一郎，突然在米花飯店墜樓身亡，出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的還有一個(gè)叫南里熏的女人，但她卻十分肯定自己從不認(rèn)識(shí)死者。與此同時(shí)，他的雙胞胎弟弟人見(jiàn)竹彥，也在杯戶鎮(zhèn)的家中被人殺害，并且案發(fā)時(shí)他的妻子加奈子為了調(diào)和兄弟二人的關(guān)系，外出與松一郎會(huì)面。兄弟兩人在同一時(shí)間死在不同的地方，難道這真的是傳說(shuō)中的心靈相通？