為了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在東都百貨商店的地下停車場(chǎng)里遇到了殺人事件。被害者是和另三位擁有保時(shí)捷車的朋友打完高爾夫回去途中遇害的。目暮警官對(duì)這三個(gè)人進(jìn)行了詢問(wèn)后發(fā)現(xiàn)三個(gè)人在案發(fā)時(shí)侯都有不在場(chǎng)證明。但是看到三個(gè)人的保時(shí)捷車內(nèi)的照片后的柯南發(fā)現(xiàn)了事情的真相。借助園子，柯南向眾人揭露了事件的真相。而兩名神秘也似乎找到了灰原所在之處？！

電視臺(tái)為了舉辦一場(chǎng)東西推理大對(duì)決，便邀請(qǐng)小五郎和服部一起來(lái)沖繩島。之后大家與電視臺(tái)的工作人員事先搭船到發(fā)現(xiàn)不明男尸與詭異文字的無(wú)人島，考察完畢準(zhǔn)備返回時(shí)，卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進(jìn)行推理時(shí)，送他們來(lái)的船只和船長(zhǎng)也消失了蹤影。

某日，童星絹川和輝來(lái)到毛利偵探事務(wù)，委托小五郎根據(jù)他媽媽寄來(lái)的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進(jìn)行詢問(wèn)，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當(dāng)晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)他被人勒死在浴室中，趕到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的警察從下鴨當(dāng)時(shí)拍攝的照片中發(fā)現(xiàn)，兇手是一個(gè)胸口有痣的女人，絹川得知后很難過(guò)，因?yàn)樗赣H的胸口就有一顆痣。

平次，葉子終于安全到達(dá)小五郎的事務(wù)所，五人在吃飯的時(shí)候說(shuō)道最近都內(nèi)發(fā)生了連續(xù)發(fā)火事件，現(xiàn)場(chǎng)總會(huì)留下紅色的馬的人偶。次日，柯南等人造訪委托他們的諸角宅邸后亮子也以可能是自己多疑了為由放棄了委托。而在柯南他們監(jiān)視的過(guò)程中遇到了風(fēng)水師曾我和亮子的沖突。就在柯南眾人回去之后又再次發(fā)生了火災(zāi)而地點(diǎn)正是亮子的住處。

終于到了正式盜取“藍(lán)色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機(jī)，柯南在樓頂?shù)却鲁霈F(xiàn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)樓上有兩道新的刮痕，這時(shí)，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒(méi)有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說(shuō)自己早有防備，他到底有何計(jì)劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會(huì)有什么樣的行動(dòng)？