柯南等人循著灰原留下的記號一路尋找，因?yàn)閮词志驮谕械娜C人之中，灰原和光彥就在大樹下面留下一些散落的蘑菇作為暗號，躲在叢林里期望柯南能有所行動制服兇手。柯南果然不負(fù)眾望，破解了灰原留下的暗號，正準(zhǔn)備麻醉兇手時，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

柯南將小五郎麻醉并召集島上的所有人，準(zhǔn)備將真相公之于眾，但遲遲未見和葉和服部的身影，在警察的催促中，柯南只好開始對整個案件進(jìn)行推理，雖然門脅和祿郎最有可能犯案但柯南卻首先排除了他們二人的嫌疑，而當(dāng)他指出真兇時，在座之人無一不感到震驚，這時，自救成功的服部及時趕到推理現(xiàn)場，更是說出了一個讓兇手都意外的事實(shí)。

沒想到灰原調(diào)配的解毒劑能夠長久的維持這具變大的身體，而與新一能同時出現(xiàn)在小蘭面前的柯南其實(shí)也灰原偽裝的，這樣就完全解除了小蘭的懷疑，之后，新一將小蘭約到米花中央大樓的瞭望餐廳吃飯，并想乘此機(jī)會表明心跡，然而卻在這時發(fā)生了命案，新一暫時拋下小蘭去解決案件，并且成功推斷出了兇手就是大場先生。

光彥建議讓亞瑟聞道爾的味道幫忙找道爾，可亞瑟卻從和式里叼出一個坐墊，柯南發(fā)現(xiàn)和式里的坐墊比之前多了一個，他又將道爾聽到時鐘之后發(fā)生的事情全部梳理了一遍，并且還在客廳的走廊上找到了曾經(jīng)出現(xiàn)在焚化爐里的玻璃棉，有了這些線索一切謎題迎刃而解，找到道爾之后，少年偵探分工合作，將它失蹤時的場景重演一遍，揪出了藏匿道爾的歹徒。

小五郎的事務(wù)所里來了一個叫春菜的大學(xué)生，委托小五郎找他的尋呼機(jī)朋友。春菜保存了秋悟先生的尋呼機(jī)和音樂盒，那以后，春菜的尋呼機(jī)上出現(xiàn)了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，卻發(fā)現(xiàn)秋悟在給春菜送出尋呼機(jī)之前就已經(jīng)死了，而走廊上還出現(xiàn)了奇怪的人影。接著眾人就發(fā)現(xiàn)已經(jīng)被擊暈的阿稔。