柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報(bào)人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個(gè)人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽水無憐奈的事情。

竹內(nèi)先生因?yàn)檎厥绿右荻粰z察官拘留，可妃英理認(rèn)為竹內(nèi)既然是自首并主動(dòng)承認(rèn)罪行應(yīng)該有被保釋的權(quán)利，之后，柯南和小五郎經(jīng)過調(diào)查發(fā)現(xiàn)撞人的可能是竹內(nèi)的妻子，于是，妃英理以此為籌碼再次要求放人，可沒想到的是竹內(nèi)才被保釋出獄，他就在自家陽臺(tái)跳樓自殺，而目擊證人正是九條檢察官，為探尋真相，柯南和小五郎重返案發(fā)現(xiàn)場……

這天小五郎和柯南看到警車駛過，便和目暮警官一同趕往殺人現(xiàn)場。原來是公寓的某屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了小說家齊川村子的尸體。死因是頭部被物品打擊致死。發(fā)現(xiàn)尸體的是迷宮出版社的編輯遠(yuǎn)野舜一和公寓管理員村田啟三。遠(yuǎn)野說齊川之前收到了恐嚇的明信片。而在警方的調(diào)查下柯南最終發(fā)現(xiàn)了犯人的真面目。

茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過了木暮警官，這時(shí)，警方找到了一個(gè)裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個(gè)發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書也成了懷疑的對象。另一方面，水無憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實(shí)她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。

工藤收到屋田誠人的信，信上說他一年前辦的案子有差錯(cuò)讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個(gè)村莊。柯南只身來到了信上所說的地址，不想被關(guān)進(jìn)了小木屋，就在這時(shí)，他因?yàn)檎`食解藥的身體開始發(fā)生變化，逃脫期間掉進(jìn)了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時(shí)他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過去，服部一行帶著新一來到了當(dāng)時(shí)的案發(fā)現(xiàn)場日源村長家，并在這里碰見了記者河內(nèi)深里以及屋田誠人的同學(xué)水川萌生。