差點被警察發(fā)現(xiàn)的柯南和大嶺及時被阿笠博士帶走，之后小五郎也趕到阿笠博士家，聽完柯南的分析，大家決定先找到大嶺當(dāng)時所使用的空包彈手槍，被柯南找到的手槍成為了大嶺洗清嫌疑的關(guān)鍵證據(jù)，接下來就是尋找將罪名嫁禍給大嶺的真兇，柯南再次前往遭到槍襲的地下室，并在這里發(fā)現(xiàn)了兇手留下的線索，為了讓兇手自己露出馬腳，柯南計劃了一出好戲……

柯南用變聲領(lǐng)結(jié)將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據(jù)茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時間以及讓認(rèn)識的人互相捆綁這兩點，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計劃，于是，少年偵探團(tuán)在柯南的指揮下相互配合，爭分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進(jìn)電梯里，之后，柯南又將計就計把混在人質(zhì)中剩下的三名人質(zhì)揪了出來，本以為一切就此結(jié)束，沒想到……

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個嫌疑人展開詢問，可是每個人都有不在案發(fā)現(xiàn)場的證明，與此同時，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時將高明救出，把他送到醫(yī)院的時候，小蘭對醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個問題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

小蘭從小五郎的錢包里發(fā)現(xiàn)了五萬日元的項鏈?zhǔn)論?jù)，這似乎是要送給妃英理的生日禮物，得知這件事后小蘭發(fā)揮驚人的手氣抽到了飯店住宿券，等到生日那天柯南他們一起來到飯店并享受了一頓豪華的晚餐，可小五郎卻絲毫沒有贈送禮物的意思，一氣之下妃英理獨自返回房間，可小蘭卻想盡辦法讓小五郎在生日結(jié)束前送出禮物，沒想到進(jìn)入妃英理的房間后竟然發(fā)現(xiàn)了一具女尸。

來到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實，而此時柯南喝下了回國用的解毒劑暫時以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過程中小蘭從以前新一說過的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫著的就是接下來的線索。